macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

C. elegans

新着順 人気順

シングルセルや希少サンプルから全ゲノム増幅したロングリードデータのアセンブリグラフからキメラを除去し、アセンブリを改善する lrSAGA

2026/07/16 タイトル修正 Multiple Displacement Amplification(MDA)は単一細胞からの全ゲノム増幅を可能にするが、キメラアーティファクト(人工産物)を生じさせ、特にロングリードシーケンシングを用いた下流の解析に深刻な悪影響を及ぼす。本研究では…

包括的な遺伝子セットのエンリッチメント解析ウェブサーバー Enrichr

エンリッチメント解析は、ゲノムワイド実験で得られた遺伝子セットを解析するための一般的な手法である。ここでは、Enrichrと呼ばれるこの分野のツールの1つを大幅に更新した。Enrichrには、現在、解析やダウンロードが可能な多様な遺伝子セットライブラリの…

RNAseqのDEGsを視覚化する DrEdGE

Differential Expression Gene Explorer(DrEdGE)はウェブベースのツールで、インタラクティブなオンラインのデータビジュアライゼーションを簡単に作成できるようにgenomicists(*1)を案内する。 DrEdGEの機能を、公開されているデータセット(ヒトの神経…

SRAのRNA seqデータを素早く比較・分析する Digital expression explorer 2(手持ちのデータにも対応)

2021 1/9 ツイート追記 10年前の最初の記述以来、RNAシーケンス(RNA-seq)はトランスクリプトームにおける強力な方法となり、非常に正確な遺伝子発現の定量を可能にした[ref.1]。シークエンシングのコストが下がるにつれて、RNA seqのデータは科学文献でよ…