Snipitは、配列中の一塩基多型を参照配列と比較して要約するためにデザインされた解析・可視化ツールである。このツールは、ヌクレオチドやアミノ酸の違いを効率的にカタログ化し、カスタマイズ可能な出版用の図を通して明確な比較を可能にする。設定可能な…

2024/08/29 推敲, 8/30追記, 9/3 誤字修正、補足*7追加, 9/10 画像追加, 9/20追記 今日はパンゲノム（pan-genome）解析について簡単に紹介します。パンゲノム解析とは、解析対象の種内の全ての株に存在する遺伝子や、一部の株にしか存在しない遺伝子のレパー…

2024/08/28 誤字修正、タイトル修正 2024年8月現在、細菌のゲノム配列は新種記載のためのタイプ標本（型）として認められていません。細菌の新種を報告するには、従来通り、純粋培養した菌を特徴づけ、株を異なる国の2つ以上の公的なCulture Collectionに寄…

2024/08/26 誤字修正 Kraken2はシークエンシングリードから菌叢解析を行うプログラムです。事前に作成されたRefSeq完全長ゲノムのDBなどを使って、シークエンシングリードの超高速な分類学的分類を実行できます。 kraken2はkraken1と比べてメモリ使用率が大…

2024/09/17追記 Githubより NCBI Datasetsは、NCBIデータベース全体のデータを簡単に収集できるリソースである。コマンドラインインターフェース（CLI）ツールやNCBI Datasetsウェブインターフェースを使って、遺伝子やゲノムの配列、アノテーション、メタデ…