macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Horizontal gene transfer (HGT)

高い特異性と感度で外来配列を除去する ContScout

ゲノムのコンタミネーションは、比較進化ゲノミクスからメタゲノミクスに至るまで、様々なダウンストリームアプリケーションに影響を及ぼす問題として、ますます認識されるようになってきている。ここでは、ContScoutを紹介する。ContScoutは、アノテーショ…

細菌ゲノムの詳細な評価と視覚化を行う Proksee

Proksee (https://proksee.ca) は、細菌ゲノムのアセンブル、アノテーション、解析、可視化のための、強力で使いやすく、機能豊富なシステムをユーザーに提供する。Prokseeは、イルミナのシーケンスリードを、圧縮されたFASTQファイル、または生、FASTA、Gen…

昆虫の包括的遺伝子リソース InsectBase 2.0

昆虫は地球上で最大の動物群であり、資源の提供、病気の媒介、農作物生産の被害など、人間の生活に大きな影響を及ぼしている。近年、昆虫のゲノムや遺伝子のデータが大量に生成されている。これらのリソースを管理、共有、マイニングするためには、包括的な…

パンゲノムに基づくゲノムアイランド予測およびその多様性探索のための手法 panRGP

原核生物ゲノムの可変性の主な原因は、遺伝子の水平移動(HGT)である。ゲノム可塑性領域(RGP)は、非常に可変性の高いゲノム領域に位置する遺伝子のクラスターである。その多くは、HGTによって生じたもので、ゲノムアイランド(GI)に相当する。これらの領…

メタゲノムコンティグの分類を行うユーザーフレンドリーなツール SprayNPray

培養した微生物のisolatesや真核生物の個体のショットガンシーケンス(全ゲノムシーケンス)や微生物群集のショットガンシーケンス(メタゲノミクス)は、生物学において一般的になってきている。シークエンスされたサンプルには、複数の生物種が含まれてい…

原核生物のゲノムアセンブリでキメラや汚染を評価する GUNC

2021 1/18 解析例追加、6/15 論文引用 2022/06/16 コマンド更新、10/13 追記 2024/05/08 追記 ゲノムは原核生物の系統の遺伝的青写真であり、現在進行中の微生物世界のセンサスの中心にある微生物学の基本単位であり、微生物の生態と進化の研究に不可欠なも…

パンゲノム解析でゲノミックアイランドやHGT(コア遺伝子ではない領域)を探索するPPanGGOLiNのpanRGPコマンド

2024/02/27 追記 Horizontal gene transfer(HGT)は原核生物のゲノムの変動性の主な原因である。ゲノム可塑性領域(Region of genome plasticity: RGP)とは、非常に可変性の高いゲノム領域に位置する遺伝子の集合のことである。その多くはHGTから発生し、 …

パンゲノムグラフから微生物の多様性を調べる PPanGGOLiN

2020 4/10 引用追加、タイトル修正 2021 1/4 追記 2023/5/30追記 2024/02/26 追記, 09/30 追記 機能研究、進化研究、疫学研究のために比較ゲノムを使用するには、与えられた種での発現の観点から遺伝子ファミリーを分類する方法が必要である。これらの方法は…

メタゲノムbinsからHGTを検出する MetaCHIP

非培養微生物のゲノム再構築(ビニング)は、微生物群集DNA(メタゲノムDNA)の包括的なシーケンシングおよび新規の計算手法により最近になって実現可能になった[ref. 1-3]。再構成されたゲノムビンは、以前には特徴付けられていなかった微生物群の生化学…

遺伝子水平伝播を検出する kvasirHGT

マイクロバイオームの組成を特徴付けること、そして自然システムの生態学、農業および人間の健康におけるそれらの重要性を理解することにおいて、大きな進歩がなされてきた。しかしながら、これらの進歩にもかかわらず、マイクロビオームの多様性、構造、お…

遺伝子水平伝播をシミュレートする HgtSIM

2019 2/9 タイトル誤字修正 Horizontal gene transfer (HGT) は、微生物の進化と適応における重要な力として認識されている(Soucy、Huang&Gogarten、2015)。単離された微生物のドラフトまたはフィニッシュしたゲノム中のHGTを同定する多数のパイプライン…

Genomic islandsを検出し視覚化する IslandViewer4

ゲノムアイランド(GIs)は、一般に、バクテリアゲノムまたはアーキアゲノムにおける水平伝達が起源の遺伝子のクラスターとして定義される(wiki)。GIはゲノム進化の主要な推進因子であり、ニッチ(論文より ref.1,2)内のバクテリアおよびアーキアの適応度…