macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

single cell

シングルセルDNAシーケンシングデータのシミュレータ SimSCSnTree

細胞の進化ツリーを生成し、その枝に沿って一塩基変異(SNVs)やコピー数異常(CNAs)を進化させる新しいシングルセルDNA配列シミュレータSimSCSnTreeについて報告する。このシミュレータで生成されたデータは、特にSNVやCNAが偏在するガンのシングルセルゲ…

ゲノムのBAMファイルを転写産物の BAM/RAD ファイルに変換してsalmonで扱えるようにする mudskipper

2022/03/25 タイトル修正 Githubより mudskipper は、ゲノムの BAM/SAM ファイルをトランスクリプトームの BAM/RAD ファイルに変換するツールです。具体的には、各アラインメントエントリーのゲノム座標を、GTF形式の与えられた転写産物アノテーションに基づ…

アセンブルされた微生物ゲノムのクオリティ評価を行う miComplete

2022/03/18 インストール手順追記 ハイスループットシーケンスの開発により、大規模なシーケンスプロジェクトが手頃な価格になり、可用性がますます向上している。膨大な量のメタゲノムデータが生成され、未培養微生物から数千のmetagenome-assembled genome…

(シングルセル)メタゲノムアセンブリの機能的アノテーションを行う METABOLIC

マイクロバイオーム科学の進歩は、メタゲノミクスやシングルセルゲノミクスを用いて混合微生物群集から再構築されたゲノムから、微生物の生態を研究・推論できるようになったことが大きな要因となっている。このようなオミックスに基づく技術は、微生物のゲ…

シングルセルとバルクのトランスクリプトームのリファレンスフリーおよびリファレンスガイドアセンブリを行うrnabloom

シングルセルRNAシーケンス(scRNA-seq)技術はここ10年で急速に進歩したが、シングルセル・トランスクリプトーム解析のワークフローでは、主に遺伝子発現データが用いられており、シングルセルレベルでのアイソフォーム配列解析はまだかなり限定的である。…

RNAのロングリードを分析する IsoQuant

IsoQuantは、PacBioやOxford Nanoporesのような長いRNAリードのリファレンスベース解析のためのツールである。IsoQuantは、リファレンスゲノムにリードをマッピングし、それらのイントロンとエクソンの構造に基づいて、アノテーションされたアイソフォームに…

非線形な低次元プロットを用いてデータパターンを可視化して調査するStreamlitアプリ GECO

シーケンシング技術の継続的な進歩により、「オミクス」というレンズを通して生物学的システムを理解する上での限界は、もはやデータの生成ではなく、それを解析する能力にある。重要なことは、この豊富な「-omics」データの多くは一般に公開されており、さ…

10x genomicsのシングルセルRNA-seq解析パイプライン cellranger(version4について)

2020 10/31 説明を追加 2021 2/11 docker インストールにv5.01追加 Cell Rangerは、ChromiumのシングルセルRNA-seq出力を処理して、リードのアラインメント、フィーチャ-バーコードマトリックスの生成、クラスタリングと遺伝子発現解析を行う解析パイプライ…

シングルセルのシークエンシングデータをシミュレートする SCSsim

シングルセルシーケンシング(SCS)の技術的な問題点として、アレルドロップアウト(ADO)やアンバランス増幅があり、これらを効果的にエミュレートすることは、SCSベースのバイオインフォマティクスツールを確実にベンチマークするために必要である。このような…

Webベースのデータ分析プラットフォーム NASQAR

2020 9/6 追記 次世代シーケンシング(NGS)テクノロジーの急速な進歩により、ゲノムデータは近年大幅に成長している[ref.1、2]。一般的なアプリケーションには、de novoゲノムシーケンス;ゲノム変異、転写因子結合部位、クロマチン修飾、クロマチンアクセシ…

微生物ゲノムの包括的なアノテーションを行う MicrobeAnnotator

2020 9/5 修正 2020 9/7 誤字修正、出力追記、 2023/07/04 論文引用 ハイスループットシーケンシングにより、利用可能な単離株、シングルセル、メタゲノムからの微生物ゲノムの数が増加している。これらのゲノムを解析・比較するためには、高速で包括的なア…

真核生物の予測されたタンパク質のデータベース EukProt

2020 7/23 説明追加 EukProtは、公開されている予測タンパク質セットと、真核生物の多様性を表すために選択された非注釈ゲノムのデータベースで、すべての主要なスーパーグループからの742種とorphan taxaを含む。系統図、遺伝子ファミリー進化、その他の遺…

ドットプロット図を出力する Flexible Dot Plot

2020 6/3 文章修正 ドットプロットは、異なるサイズと色のドットを用いて2つの定量情報を同時に表示するコンパクトな方法を提供するヒートマップのようなチャートである。この可視化方法は、特にシングルセルRNA-seq研究で人気があるにもかかわらず、ドット…

包括的なメタゲノム解析パイプライン MAGO

微生物種はさまざまな環境で重要な役割を果たしているが、メタゲノムデータセットからの高品質のゲノムの生成は、その生態学的および進化のダイナミクスを理解する上で大きな障害となっている。 Metagenome-Assembled Genomes Orchestra(MAGO)は、複数のマ…

IRIS-EDA(立ち上げだけ紹介)

生物学的システムの統合モデルを構築し、疾病を予防または治療するための実現可能な戦略を考案するには、適切な実験計画法とインタラクティブなインタフェースを備えた高度な計算ツールが必要である。 RNA-Seqは膨大な量の遺伝子発現データを作成しており、…

Quasi-Mappingによって高速にRNA seqの定量を行う Kallisto

2020 4/30 help更新、condaによるインストール追記 2021 2/3 タイトル修正 典型的なRNA-seqの転写産物レベル処理ワークフローの最初の2つのステップは、トランスクリプトーム配列またはリファレンスゲノムへのアラインメントおよび転写産物存在量の推定であ…

自動でコンタミネーションを除く ProDeGe

最近の技術的進歩によりハイスループット配列決定シーケンス解析が可能になり、難培養微生物のsingle amplified genomes(SAG; Rinke et al。、2013 ; Swan et al。、2013 )やメタゲノムのアセンブリおよびbinningが可能になった(GMGs; Cuvelierら、2010 ;…

シングルセルにも対応したシーケンスデータの削減と正規化ツール NeatFreq

Multiple displacement amplification(MDA)は、培養できない生物のシングルセルシーケンスおよびゲノムアセンブリを可能にする[ 論文より ref.1]。 MDAはまた、メタゲノムシーケンシングでの使用のために低バイオマス環境サンプルからDNAを増幅するために…

メタゲノムデータを使ってシングルセルのエラー訂正を行う MeCorS

自然界に存在する大部分の微生物種は培養できないが、メタゲノミクスや最近のシングルセルシーケンス技術によりゲノムにアクセスできるようになってきた。シングルセルシーケンスとメタゲノムのショットガンシーケンスが同じ環境サンプルから生成され、方法…

   シングルセルの汚染を検出する ACDC

シングルセルシーケンスの主な課題は、コンタミの可能性とその検出である[論文よりref.7]。標的ゲノムに属さない外来DNAは、複数の方法で試料に導入され得る。コンタミの原因には、全ゲノム増幅試薬が含まれる可能性すらあり得る[ref.8、9]。これらの障害を…

シングルセルのアセンブルツール HyDA

大部分の微生物は一般的な培地では培養不能で、シングルセルシーケンスは微生物の洞察を得るための重要な方法となっている。シングルセルシーケンスには、全ゲノム増幅によってDNAをランダム増幅させる必要があるが、シーケンスバイアスが非常に大きいという…

シングルセルシーケンスのカバレッジバイアスを見積もる Preseq

単一細胞レベルで変異を調べるには、単一細胞のシーケンス決定技術が必要になる。このシングルセルシーケンスの技術は、腫瘍細胞のシーケンスや未培養の細菌集団の細胞の多様性を調べるような研究にも用いられてきた。また、着床前遺伝子診断などに利用して…

メタゲノムからビニングしたゲノムが完全か、またコンタミがあるか評価する CheckM1

2018 10/7 文章訂正、10/12 dockerコンテナを使ったランの流れ追加 2019 4/11 dockerを使ったランで表も保存するよう修正、/16 インストール追記、11/28 インストール追記、データベース作成の流れを修正、12/6 バージョンアップ追記 2021 1/15 バージョンア…