macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

time series dataset

原核生物の遺伝子セットエンリッチメント解析を行うユーザーフレンドリーなウェブサーバー FUNAGE-Pro

近年のハイスループット(メタ)トランスクリプトミクスやプロテオミクスの分野では、単一の遺伝子やタンパク質だけでなく、拡張された生物システムを探索するための簡便で迅速な方法が求められている。遺伝子セットエンリッチメント解析は、遺伝子セット内…

複数条件下での時間経過トランスクリプトームデータを解析するためのウェブサービス TimesVector-Web

遺伝子発現データの時間経過解析は、ある生物学的メカニズムの時間経過に伴う遺伝子発現の変調パターンを明らかにするのに有利である。例えば、正常者と癌患者のコホートなど、2つの条件間で有意に差のある発現遺伝子(DEG)を検索することは一般的に行われ…

非線形な低次元プロットを用いてデータパターンを可視化して調査するStreamlitアプリ GECO

シーケンシング技術の継続的な進歩により、「オミクス」というレンズを通して生物学的システムを理解する上での限界は、もはやデータの生成ではなく、それを解析する能力にある。重要なことは、この豊富な「-omics」データの多くは一般に公開されており、さ…

時系列データなどの連続データを視覚化するwebサービス PlotTwist

2020 3/13 誤字修正、補足説明追加 要約だけでなく、個々の測定からの実際のデータを表示することで、実験結果の理解が深まり、より完全な全体像が得られることは長年にわたって強調されてきた[ref.1-3]。これは、ダイナミクスを研究するための時間依存デー…

関連するメタゲノムから集団ゲノムを復元するための自動化ツール groopM

微生物群集の機能と進化を理解する能力は、特定の生態系のほとんどの構成種を培養できないことで妨げられてきた(論文より Hugenholtz、Goebel&Pace、1998)。ショットガンシーケンシングの環境DNAへの応用であるMetagenomicsは、この培養のボトルネックを…

複数メタゲノムアセンブリのアセンブリ精度を比較して、種レベルでユニークな配列セットを得る dRep

2019 5/7 インストール追記、6/16 パラメータ追記、6/16 upしたdocker イメージのエラー修正、6/18 link追加 2021 4/29 インストール追記、5/18 インストール追記 (condaによるpplacerの導入)、5/27 タイトル変更、5/29, 6/30 compareコマンド追記 2022/06/…

共発現遺伝子の自動クラスタリングツール CLust

遺伝子の転写は、すべての生物において動的かつ協調的に調節される。そのような協調的調節は、時系列およびperturbation-responseデータセット (参考HP) における転写産物の協調的変化として明白である。遺伝子の転写は、遺伝子のプロモーター領域またはエン…