2022/05/23 step5を画像に差し替え 2024 03/05 dockerイメージ例追記 先日clusterProfilerを使ってKEGG termのエンリッチメント解析を行う例を紹介しました。今回はclusterProfilerを使ってGO Enrichment Analysisを行う流れを紹介します。Bioconductor Anno…

Enrichrは哺乳類の遺伝子セットエンリッチメント解析ツールで、転写制御、パスウェイ、GOやヒトの表現型のオントロジー、薬剤で処理した細胞からのシグネチャーなどが収録されている（wiki）。GSEApyはEnrichrのPythonラッパーで、コマンドラインやPython上…

2022 1/5 複数比較の例追記、コマンドの誤字修正 バルクRNA-seqデータが処理されると、すなわちアラインメントされ、発現および差分表が作成されると、生物学的性質の探索、視覚化および解釈が行われる重要なプロセスが残る。可視化・解釈パイプラインを使用…

2019 9/12 誤字修正、おかしな文章削除 ハイスループット研究からの遺伝子リストの解釈には、最新のデータに基づいた有能で便利なツールが必要である。 Enrichr（ref.1）、WebGestalt（ref.2）、Metascape（ref.3）、KOBAS（ref.4）、AgriGO（ref.5）などのf…

2019 5/23 tweet追記、9/26 動画追加、11/30 ツイート追記、12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 ８章補足資料リンク追加、12/15 ツイート追加 2024/04/04 論文追加引用, 10/02内容を整頓 RNAシークエンシング（RNA-Seq）[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための…