macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

essential Genes

BUSCOを使った系統解析

2022/09/13 追記、誤字修正 Current Protocols in BioinformaticsにBUSCOの使い方に関する論文が出ています。(引用1)。その論文のパートの1つ;”Support Protocol 3: BUILDING PHYLOGENOMIC TREES”では、BUSCOがシングルコピーの系統マーカー遺伝子を取り…

bowtie2を使ってアセンブルした配列を評価する

bowtie2はマッピング結果の要約統計を標準エラー出力として報告する。Trinityのwikiでは、これを利用してde novo transcriptome assemblyを評価する流れがまとめられている。 RNA Seq Read Representation by Trinity Assembly · trinityrnaseq/trinityrnase…

バクテリアのゲノム縮小のための遺伝子必須性予測と欠失の設計を行う DELEAT

2021 10/7 追記 遺伝子の必須性を研究することは、生命の基本原理を理解する上で基本的なことであり、また多くの分野で応用されている。ここ数十年の間に、さまざまな実験やバイオインフォマティクスの手法を用いて、何十もの必須遺伝子セットが決定され、こ…

生物の生存に不可欠な遺伝子のデータベース DEG(バージョン15アップデート)

必須遺伝子とは、生物が特定の条件下で生存するために必要な遺伝子のことである。バクテリアの最小遺伝子セットの研究では、生命を維持するための基本的な細胞プロセスが解明されている。この5年間、CRISPR/Cas9をさまざまな種類のヒト細胞に適用することに…