Genomics Proteomics Bioinformatics
2024/05/10 誤字修正 (2010年の論文) KaKs_Calculator 2.0と名付けた統合スタンドアローンソフトウェアパッケージのアップデート版を発表する。このパッケージには、非同義置換率と同義置換率を計算するための17の手法が組み込まれている。その中で、ガン…
Genomics Proteomics Bioinformatics
2019
filtering
bacterial annotation
eukaryotic genome annotation
GFF
UTR
公開されたゲノムには、オープンリーディングフレーム、開始点、スプライスサイト、および関連する構造的特徴の同定に関連する問題を表す誤った遺伝子モデルが含まれていることが多い。これらの矛盾の原因は、ロングリードのアラインメントと予測された遺伝…
2021
Preprint
GUIツール
Genomics Proteomics Bioinformatics
2022
Ka/Ks
nonsynonymous and synonymous substitution
KaKs_Calculator 3.0は、コーディング配列と非コーディング配列の両方に対する選択圧を計算することができるように更新されたツールキットである。コーディング配列の非同義/同義置換率の比率と同様に、非コーディング配列に対する選択は、非コーディング塩…
Genomics Proteomics Bioinformatics
2019
shiny
web tool
genome browser
genome wide associations studies
GWAS
2020 5/14 フィーチャー => 観測値に変更 全ゲノムの非環状プロットは、全染色体に沿って配列されたゲノムデータを自然に表現したものである。現在のところ、非環状の全ゲノム図を作成するために設計された専用のグラフィカル・ユーザー・インターフェース(…