過去40億年にわたる生命は、タンパク質とその三次元構造への集合能力によって形作られてきた。タンパク質配列アライメントは、生命の系統樹全体におけるタンパク質の進化と機能的適応を解明するための基盤技術となっている。一次配列のみから三次元タンパク…

タンパク質構造は配列を超えて保存されているため、遠縁のタンパク質を解析するには多重構造アライメント（MSTA）が不可欠である。計算予測法によって利用可能なタンパク質構造のリポジトリは大幅に拡張され、高速で正確なMSTA法が求められている。本稿では…

2026/07/11 論文追記 微生物群集は、地球の健康と生態系プロセスに不可欠な役割を果たしている。高スループットメタゲノムシーケンス技術は、これらの群集の構造と機能に関する前例のない洞察を提供してきた。しかし、既存の配列相同性に基づく手法の感度限…

2025/05/08 誤字修正 正確なタンパク質構造アライメントは、構造的・機能的関係を理解するために不可欠である。ここでは、GTalign-webを紹介する。GTalignは、空間インデックス駆動型のタンパク質構造アライメントツールである。GTalign-webは、DALIおよびFo…

2026/02/01 追記 あるクレードのほとんどのメンバーに共通するシングルコピーのコア遺伝子の解析は、系統復元やゲノムの質の評価など、生物学における重要な課題にとって重要である。コア遺伝子は従来、プロテオーム間のアミノ酸類似性の解析によって同定さ…

ゲノムデータの解釈は、生物学的プロセスの分子メカニズムを理解する上で極めて重要である。タンパク質構造は、遺伝子をコードする変異体に機能的な背景を与えることにより、この解釈を容易にする上で重要な役割を果たす。しかし、遺伝子とタンパク質の対応…

2023/07/08 追記 構造予測手法が何百万もの一般に利用可能なタンパク質構造を生成しているため、これらのデータベースを検索することがボトルネックになりつつある。Foldseekは、タンパク質内の3次アミノ酸相互作用を構造アルファベット上の配列として記述す…

レポジトリより hapdiffは２倍体アセンブリのためのシンプルなSVコールパッケージである。svim-asmを改良したものを使用している。このパッケージは、アライナーのバージョンやパラメータに依存する可能性があるため、実行間の再現性を確保するために、独自…

2022/08/03 誤字修正 2023/07/10 追記 2024/06/08 追記 2025/01/17 古いSNS情報を一番下に整理 高精度な構造予測手法により、一般に公開されているタンパク質の構造が雪崩のように増えている。これらの構造を検索することが、構造解析の主なボトルネックにな…