ゲノムデータの解釈は、生物学的プロセスの分子メカニズムを理解する上で極めて重要である。タンパク質構造は、遺伝子をコードする変異体に機能的な背景を与えることにより、この解釈を容易にする上で重要な役割を果たす。しかし、遺伝子とタンパク質の対応…

2023/07/08 追記 構造予測手法が何百万もの一般に利用可能なタンパク質構造を生成しているため、これらのデータベースを検索することがボトルネックになりつつある。Foldseekは、タンパク質内の3次アミノ酸相互作用を構造アルファベット上の配列として記述す…

レポジトリより hapdiffは２倍体アセンブリのためのシンプルなSVコールパッケージである。svim-asmを改良したものを使用している。このパッケージは、アライナーのバージョンやパラメータに依存する可能性があるため、実行間の再現性を確保するために、独自…

2022/08/03 誤字修正 2023/07/10 追記 2024/06/08 追記 高精度な構造予測手法により、一般に公開されているタンパク質の構造が雪崩のように増えている。これらの構造を検索することが、構造解析の主なボトルネックになりつつある。Foldseekは、大規模な構造…