2004
MIRAは、全ゲノムおよびEST/RNASeqプロジェクト用のマルチパスDNA配列データアセンブラ/マッパーである。MIRAは以下の方法で得られたリードをアセンブル/マッピングする。 electrophoresis sequencing（別名サンガーシーケンシング イルミナ（Solexa）シーケ…
2019 2/15 Biocondaインストール追加、バッチモード追加 2019 3/10 タイトル修正 2019 5/50 インストール方法追記 ARAGORNは既存のtRNAとのホモロジーや二次構造などを手掛かりにゲノム中からtRNAやtmRNAを探すツール。 webサーバー ARAGORN, tRNA (and tmRN…
MUMmerはゲノム全体を高速にアライメントするオープンソースのツール。Finisihしたゲノムだけでなくドラフトゲノムでも使用でき、容易に何百あるcontigのアライメントを行うことができる。最初の論文が発表されたのは1999年だが（ref.1）、現在でもオープン…
ゲノム比較 (comparative genomics)
結果の視覚化 (visualization)
DNA解析ソフト
GUIツール
multiple sequence alignment (MSA)
synteny_block
windowsツール
2004
Genome Research
mauveはよく似たゲノムのアライメントを行い、その結果を見やすいビューアで表示して比較できるソフトである。Mac、windows、Linux版が用意されており、無償でダウンロードできる。 ダウンロードは公式サイトから行う。 the Darling lab | computational (me…
