リアルタイム解析
2018
Frontiers in Microbiology
生物種の推定 (taxonomic profiling)
metagenome
metatranscriptome
Nanopore long read
リアルタイム解析
off-line
automatic pipeline
assembly
Binning (metagenomics)
taxonomic assignment
2020 11/19 condaインストール追記 シーケンシング技術の改良によりメタゲノムシーケンシングが一般化し、メタゲノムシーケンシングがマイクロバイオームの構造および機能性を分析するための標準的な手順となった。メタゲノム実験によって生成された膨大な数…
2018
PLOS Computational Biology
GPU
demultiplexing
deep neural network
リアルタイム解析
Nanopore long read
barcode / index
basecalling
CNN
Multiplexing（バーコード）は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…
2019 12/13 タイトル修正 急速にコストが下がる中、Pacific Biosciences（PacBio）およびOxford Nanopore Technologies（ONT）のロングリードDNAシークエンシング技術がアウトブレイク調査に使用され始めている（Faria et al、2017; J. Quick et al、2005 20…
ゲノムシーケンシングデータのリアルタイム解析は、シーケンサがまだ稼動している間にデータを分析できるため、過去数年にわたって特に注目を集めている。しかし、Minionシーケンサーをベースにしたライブ解析アプローチの可能性は、これらのデバイスのスル…
