macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

binder

原核生物ゲノム中の偽遺伝子候補を検出する Pseudofinder

原核生物のゲノムは一般的に遺伝子密度が高く、偽遺伝子(機能していない、あるいは不活性化された遺伝子の残骸)は比較的少ない。しかし、近年の生態系の変化や、共生生物や病原体が経験したような極端な個体数の減少など、特定の状況下では、偽遺伝子が急…

ユーザーが関心のある遺伝子の周辺配列の相同性を調べる Flanker

2021 3/1 renameコマンド修正 2022/03/17 論文引用 関心のある遺伝子の周囲の配列を解析することは、特に抗菌薬耐性遺伝子などの水平遺伝子導入におけるmobile genetic elements (MGEs) の役割を理解する上で非常に重要であることが多い。ここでは、一貫した…

KEGGのパスウェイアノテーション結果を視覚化する KEGG-Decoder

2020 2/25 わかりにくい説明を修正 好気性非酸素発生型光合成生物(AAnP)は海洋環境で一般的であり、光従属栄養活動に関連している。現在までに、炭素固定の可能性を持っているAAnPは、表層海洋では確認されていない。 Tara Oceansメタゲノムデータセットを…