RNAseqの定量
2023/07/10 インストール手順修正 RNA-seqは現在、ハイスループットシークエンシング技術を使用して転写活性をプロファイリングするための最も一般的な方法である。転写産物長の単位あたりのシークエンシングタグカウントは、転写産物の相対存在量を測定する…
一般に公開されている膨大な数のRNA-sequencing (RNA-seq) ライブラリは、組織における既知または新規の転写産物の発現を定量化するための機能情報の宝庫である。しかし、転写産物の定量は、多くの計算資源と処理時間を必要とするアライメント手法に依存する…
次世代シーケンサーによる実験では、データの探索的解析、トレンドの解釈、ターゲット/候補の特定、結果のわかりやすい直感的な可視化などが大きな課題となってる。これらの課題は、利用可能な解析ツールの大半がプログラミングスキルを必要とするため、コン…
2022/05/09 誤字修正、インストール手順修正(ggplot) 2022/06/09 heatmapのコマンド修正. 10/24 インストール手順修正(Rのバージョン４指定） 2023/06/18 追記 2024/02/27 docker image例追記 比較ハイスループットシーケンスアッセイでは、RNA-seqにおける…
2022/02/21 画像追記 リファレンスゲノムを持たない非モデル生物のRNA-seqデータ解析では、計算時間とコストが依然として大きなボトルネックとなっている。この課題を解決するために、著者らは、トランスクリプトームde novoアセンブリを行わずにRNA-seqリー…
2022 1/27追記 トータルRNAシーケンス（total-RNA-seq）により、コーディングとノンコーディングの両方のトランスクリプトームを同時に研究することができる。しかし、計算パイプラインは従来、特定のバイオタイプに焦点を当て、total-RNA-seqデータセットが…
Trinityに付属するスクリプトrun_DE_analysis.plを使うと、BioconductorのRパッケージを使って発現変動遺伝子群を同定して分析することができる。Trinityのabundance_estimates_to_matrix.plなどを使って得た発現行列ファイルを使う。 手順はTrinityのマニュ…
Trinityに付属するスクリプトPtRは、生物学的複製が十分に相関していることを確認し、またサンプル間の関係を調査するためのユーティリティツールである。Trinityのabundance_estimates_to_matrix.plなどを使って得た発現量の行列ファイルを使う。Trinityの…
Trinityに付属するスクリプトabundance_estimates_to_matrix.plは、align_and_estimate_abundance.plの出力を入力として、複数サンプルを（正規化しつつ）統合した発現行列ファイルを生成するスクリプト。Trinityのマニュアルに習い、使い方を確認しておく。…
現在、RNA-Seqは日常的に使用されており、遺伝子の転写に関する正確な情報を得ることができる。しかし、この方法では、重複した遺伝子の発現を正確に推定することができない。これまでに、いくつかの方法（重複した遺伝子を削除する、リードを一様に分配する…
IsoQuantは、PacBioやOxford Nanoporesのような長いRNAリードのリファレンスベース解析のためのツールである。IsoQuantは、リファレンスゲノムにリードをマッピングし、それらのイントロンとエクソンの構造に基づいて、アノテーションされたアイソフォームに…
次世代シークエンシング技術は、我々が生物系を分析する方法を変え、RNAシークエンシング（RNA-seq）が標準的な手順になった。ほとんどのRNA-seq実験はサンプル間の転写産物量を測定および比較を行う。これはさまざまな実験条件下で遺伝子発現プロファイルを…
2021 1/28 カテゴリ追加、タイトル修正 ロングリードRNAシーケンシング（RNA-seq）技術により、転写産物全長の配列決定が可能となり、従来のショートリードRNA-seqよりもアイソフォーム特異的な遺伝子発現の探索が容易になった。しかし、ロングリードRNA-seq…
2021 1/8 誤字修正 大規模な並列シーケンシングの進歩とシーケンシングコストの劇的な削減により、RNAのディープシーケンシング（RNA-Seq）はRNA転写産物の同定と定量化のための主要なツールとなった。今日、RNA-Seqは、創薬標的の同定、新規遺伝子制御機構…
2021 1/9 タイトル修正 2021 1/15 コマンドと説明追記 2021 4/27 ベンチマーク論文追加2021 10/8 2021 10/8 gzipped fastqのオプション追記 RNA-Seqは転写産物の量を測定する方法に革命を起こしている。RNA-Seqデータからのトランスクリプトの定量における重…
2020 6/29 補足説明追加。 RNA-seq技術は、導入以来、病原性細菌の研究において異なる条件にさらされた細菌からの複数のサンプルにわたる遺伝子発現の違いを同定し、定量化するために広く利用されてきた。一部の例外を除いて、遺伝子発現を評価するための現…
2020 4/10 タイトル修正、説明と図追加 RaNA-Seqは、RNA-Seqデータを迅速に解析・可視化するためのクラウドプラットフォームである。FASTQファイルの定量、品質管理指標の計算、発現変動遺伝子の解析の実行、機能解析による結果の説明を可能にすることで、数…
2020 7/1 インストール方法追記, コマンド追記 2020 7/2 タイトル修正 2020 7/27 merge追記 2022/06/09 論文引用 2022/12/10, 12/28追記 2023/01/21 レポジトリURL修正 RNAシーケンス（RNAシーケンス）データセット内の転写産物の量を測定することは、細胞の…
2020 2/2 追記 章末補足資料 １、どのアノテーション情報を使うか よく研究された大腸菌であっても、数百以上の様々なゲノムが登録されている。同じ系統の株でもGene IDなどは統一されていない。そのため、100%塩基配列が同じゲノムと考えてわずかに違う株の…
2020 1/14 conda追記 2020 9/23 タイトル修正 BAMscaleは、chromatin binding（ChIP-seq）およびクロマチン状態変化（ATAC-seq、END-seq）やchromatin state changes（ATAC-seq, END-seq）、RNA seqのシーケンシングデータセットを処理するワンステップツー…
シーケンシング技術の進歩により、モデル生物の範囲を超えてトランスクリプトームを効率的かつ正確に探索することが可能になった（Ekblom and Galindo、2011; Marioni et al、2008）。トランスクリプトームシークエンシングは、高品質のリファレンスゲノムを…
2019 5/23 tweet追記、9/26 動画追加、11/30 ツイート追記、12/22 統合TVリンク追加 2020 2/2 ８章補足資料リンク追加、12/15 ツイート追加 2024/04/04 論文追加引用, 10/02内容を整頓 RNAシークエンシング（RNA-Seq）[1]は、ゲノムワイドな発現解析のための…
2018 10/31、11/2 タイトル、コード等修正、docker追加 2021 3/9 出力例追記 シーケンシングされた種の数が増加しているが、ゲノムの大部分は不完全である。それらにはギャップが含まれていても、配置されていない領域が残っていてもよく、アノテーションが…
2020 4/30 help更新、condaによるインストール追記 2021 2/3 タイトル修正 典型的なRNA-seqの転写産物レベル処理ワークフローの最初の2つのステップは、トランスクリプトーム配列またはリファレンスゲノムへのアラインメントおよび転写産物存在量の推定であ…
Alternative splicing (AS)（以下、選択的スプライシング）は、成熟mRNAを高度に調節された様式で切断および再結合させ、それによって転写産物の複雑性を増加させるmRNAプロセシング機構である。生物に応じて、発現遺伝子の95％までが複数の転写産物に転写さ…
2019 6/11 インストール追記 RNA-seqは、トランスクリプトームの様々な側面を研究するための強力な技術である。それは、遺伝子発見、選択的スプライシングイベントの検出、継時的発現分析、融合の検出、SNPおよび転写後エディティングなどの変異の同定を含む…
バクテリアゲノム中の遺伝子の発現を測定することは、感染の治療法の開発から合成ゲノムの作成まで、非常に幅広い用途を有する。バクテリアにおける遺伝子発現研究は、代謝経路を研究し、変異株の特性を同定し、他の点ではそれらのゲノムにおける分子過程を…
核酸試料間の汚染は、分子生物学における潜在的な問題として長く認識されてきた。ポリメラーゼ連鎖反応（PCR）による増幅や、そして最近ではハイスループット配列決定でのPCR増幅は、ソースにかかわらず、また非常に低レベルの混入した核酸でさえ、十分な範…
ゲノムガイドのRNAのアセンブル法は、遺伝子アノテーション情報を使わず、RNA-Seqデータから転写物の再構成を行う方法である。 Strawberryは ゲノムガイドのアセンブリと定量の2つのモジュールで構成されており、ゲノムガイドのアセンブルではbamをスプライ…
2019 2/15 動画リンク追加 2020 4/19 インストール追記, help更新 2020 4/29 論文アブスト追記 RNA-seqリードからトランスクリプト の豊富さを定量化する軽量な手法であるSalmonを紹介する。Salmonは、新しい二相並列推論アルゴリズムと特徴量の多いバイアス…
