phylogenetic tree Inference
2024/10/05 追記 MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）ソフトウエアは、計算分子進化の手法とツールの大規模なコレクションを含むまでに成熟した。ここでは、MEGAを種、病原体、遺伝子ファミリーのタイムツリーを構築するための、より包括的な…
一般に公開されている細菌ゲノム配列の数は驚くほど多く（NCBIのGenBankだけでも200万アセンブル）、その数は増え続けている。このような豊富なデータから、これらの配列を進化の文脈の中で位置づける系統解析が求められている。系統的な配置は分類学的な分…
WGSやRNA-seqやTarget-captureなどのさまざまなショートリードデータからユーザーが指定した数百〜数千の遺伝子座の同祖配列を抽出し、系統解析に使用可能なMSAを出力する CAPTUS
ターゲットキャプチャー、RNA-Seq、ゲノムスキミング、深く読んだ全ゲノムシーケンスなど、多様なハイスループットシーケンスデータは系統ゲノム解析に利用されているが、このようなミックスされたデータを単一の系統ゲノムデータセットに統合するには、多く…
2016年以降、NCBIでリファレンスゲノムが利用可能な微生物種の数は3倍以上に増えている。Multiple genome alignmentは、共通の祖先を共有する複数のゲノムのヌクレオチドを特定するプロセスであり、多くの下流の比較解析手法の入力として使用される。Parsnp…
進化的推論は複数配列アラインメント(MSA)の質に大きく依存するが、遠縁のタンパク質では問題がある。タンパク質の構造は塩基配列よりも保存されているので、遠いホモログに対して構造アラインメントを用いるのは自然なことのように思われる。しかしながら、…
コマンドの誤り修正（very抜け） FastTree-2は、大規模系統樹を推定するための最も成功したツールの1つである。FastTree-2の設計の核心はスピードであるが、FastTree-2の実装には、その性能とスケーラビリティを害する重要な問題がまだある。これらの限界に…
Seaviewバージョン５（*1） 分子配列データからマルチプルアライメントと系統樹構築を行うマルチプラットフォーム・プログラム、Seaviewバージョン5を紹介する。Seaviewは、配列データベースへのネットワークアクセス、任意のアルゴリズムによるアラインメン…
2023/08/05 間違った説明を修正 系統樹は、生命のツリーを横断して進化の歴史を整理するための枠組みを提供し、メタゲノム同定などの下流の比較解析に役立つ。16S rRNAのような単一マーカー遺伝子に依存する手法では、数十万種の生物で精度の低い系統樹が作…
IQ-TREEはTREE-PUZZLEの後継プログラムであり、大規模な系統樹データの最尤解析を行うための効率的で汎用性の高い系統樹ソフトウェアである。IQ-TREEは効率的にツリー空間を探索し、RAxMLやPhyMLよりも高い尤度を達成することが多い。IQ-TREEの他の重要な特…
