macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2010

KaKs_Calculator 2.0

2024/05/10 誤字修正 (2010年の論文) KaKs_Calculator 2.0と名付けた統合スタンドアローンソフトウェアパッケージのアップデート版を発表する。このパッケージには、非同義置換率と同義置換率を計算するための17の手法が組み込まれている。その中で、ガン…

DESeq2

2022/05/09 誤字修正、インストール手順修正(ggplot) 2022/06/09 heatmapのコマンド修正. 10/24 インストール手順修正(Rのバージョン4指定) 2023/06/18 追記 2024/02/27 docker image例追記 比較ハイスループットシーケンスアッセイでは、RNA-seqにおける…

真核生物の比較ゲノミクスのためのゲノムブラウザ Genomicus

Genomicusは、真核生物の比較ゲノミクスに特化したデータベースおよびウェブサーバである。Genomicusの主な機能は、複数のゲノム間でのゲノムブロックの保存状態をグラフィカルに表現することであり、特定の遺伝子を中心とした局所的な保存状態や、核型比較…

遺伝子とゲノムの比較を視覚化するCRANパッケージ genoPlotR

進化のパターンとプロセスを推測し、表現型の違いをゲノムの変化に関連付けるために、遺伝子とゲノムの比較がますます使用されている。最近の高スループットシーケンステクノロジーの出現により、比較ゲノミクスにおけるメソッドと視覚化ツールの必要性が大…

GREAT

ゲノム全体のDNA結合イベントを局所的に測定することで同定されたシス制御領域の機能的意義を解析するために、Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool (GREAT)を開発した。従来の手法では、遺伝子の近位にある結合のみを考慮していたが、GREATは遠…

(主に微生物)代謝モデルのデータベース BiGG Models

BMC Bioinformatics. 2010 Apr 29;11:213 COBRA(Constraint Based Reconstruction and Analysis)フレームワークに基づくゲノムスケールの代謝再構成は、生物の代謝能力を解析し、実験データを解釈するための貴重なツールである。このような再構成や解析手…

ウィルスゲノムのアノテーションを行う VIGOR

遺伝子予測プログラムVIGOR(Viral Genome ORF Reader)は、2010年にJ.Craig Venter Instituteで開発され、感染症ゲノムシークエンシングセンターのプロジェクトでコロナウイルス、インフルエンザ、ライノウイルス、ロタウイルスの遺伝子コールに成功してい…

FragGeneScan

次世代シーケンシング技術の進歩は、環境試料(すなわちメタゲノム)内の遺伝物質の全コレクションを直接シーケンシングしようと試みるメタゲノム研究を促進した。メタゲノムアセンブリは利用できないことが多いので(論文執筆時点)、ショートリードから直…

16S/18S rRNAのV1~V9領域の配列を取り出す V-Xtractor

V-Xtractorは、隠れマルコフモデルを使用して、16S/18S rRNAの定義済みの超可変配列セグメント(V1〜V9)を検索、検証、および抽出する。99.6%の検出効率と低い偽陽性感受性により、このツールはデータの信頼性を向上させ、その後のコミュニティアッセイで…

SVDetect

ゲノムの構造変異の同定は、ヒトの遺伝的多様性、進化、ならびに病因を理解する重要なステップである。癌を含む数多くの遺伝病は、構造変異(SV; Futreal et al、2004)と関連している。アレイベースの技術は、SVを検出するための多くの研究において成功して…

プラスミド配列を予測する cBar

cBarは(論文発表当時では)大規模なトレーニングデータを用いて学習されたメタゲノムなどのデータ(FASTA)中の プラスミドゲノムを区別する方法論。5量体頻度(pentamer frequencies)を元に判定を行う。入力はFASTAは配列。 インストール macOSXではビル…

配列のクラスタリングツール UCLUST

2019 9/29 help追加 2019 9/30 fastaへの変換コマンド追加 相同な配列をクラスタリングするツール。相同性の下限値を指定してランすると、閾値以上の相同性を持った塩基配列をまとめてくれる。CD-HIT-ESTより高速に動作するとされる。 ダウンロード (linux, …

バクテリアやアーキアの遺伝子を予測するProdigal(メタゲノムデータセットにも対応)

2019 5/8 インストール追記 2021 7/13 help更新 2022/07/20 追記 2023/08/23 追記 2024/08/28 追記、09/03 -s追記 ProdigalはDynamic Programmingの方法論により効率的にバクテリアやアーキアの遺伝子を探すツール。既存の方法は様々存在するが、本手法はま…

bedtools

追記 bedgraph出力 2019 9/4 インストール、twitterリンク追加 BEDファイルのオーバーラップ領域を抽出したり、マージしたりできるツール。BED以外にGFF、VCFも扱うことができる。bedtools <command> -a .bed -b .bedという使い方が基本。-aで指定したbedを-bで指定し</command>…

edgeR

2019 4/30 インストール方法修正 2022 1/23 追記 発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください…

ゲノム比較のmurasakiと結果を表示するGMV

2020 5/25 docker link追加、ヘルプ追加、分かりにくい文章の修正 murasakiは複数ゲノムの相同性ある領域の探索を高速に行うツールで、GMVはその比較結果を見るためのビューアソフトである。領域によってカラフルな色がつくので、ゲノムリアレンジメントなど…

ゲノムの相同性の高い領域の網羅的な検索 LAST

2019 6/9 biocondaインストール追記 2021 2/19 曖昧な日本語を修正 2021 7/28 maf-convert追記 ゲノム配列のアラインメントは多くの研究の基礎を成している。ゲノムアラインメントは、さまざまな日常的ではあるが重要な選択、たとえばリピートをマスクする方…