構造変異（大規模な挿入、欠失、重複、反転、転座など）は、細菌の進化において独自かつ重要な役割を果たす。近年、ロングリードシーケンシング技術の進歩により、構造変異の高精度かつハイスループットな予測が可能となった。seabreezeは、構造変異によって…

2024/10/09追記 生のシーケンスデータの処理に特化したバイオインフォマティクスツールの大部分は、k-mersの概念を多用している。これにより、データの冗長性（ひいてはメモリの圧迫）を減らし、シーケンスエラーを破棄し、操作可能で容易に比較できる固定サ…

ROCK (Reducing Over-Covering K-mers) は、デジタル正規化法 (Brown et al. 2012, Wedemeyer et al. 2017, Durai and Schulz 2019 など) の代替実装を実行するC++で書かれたコマンドライン・プログラムである。ROCKの主な目的は、1つまたは複数のFASTQファ…

2022 1/11 論文引用 基本的なシーケンス品質管理とサマリー統計の計算は、リードをパースするのがボトルネックになることにより少し時間がかかる場合がある。Nanoq は、needletail および rust-bio ライブラリを使用した fastx ファイルに対して、欠陥のある…

2020 7/21 コマンドでダブルスペースになっていた部分を修正 核酸のナノポアシーケンシングは、開発に30年近くを要し、現在では合成法によるシーケンシングの代替手段として確固たる地位を確立している(Deamer, Akeson, & Branton, 2016)。オックスフォード…

2020 9/24 論文引用 完全な原核生物ゲノム間の構造的変化を視覚化することは、系統の違いの遺伝的基盤を特定するために重要である。これは通常、連続したペアワイズ比較または複数の線形の結果を線形レイアウトまたは環状レイアウトで表示することで実現され…