basecalling
ウイルスゲノムのシークエンシングと解析は、ウイルスの多様性と進化を理解する上で極めて重要である。従来のサンガーシークエンシングはシークエンスデプスが低く、労力を要するという制約があった。イルミナなどの次世代シーケンシング（NGS）法はシークエ…
2020 2/1 タイトル追加、文章追加、誤字修正 2020 2/2 誤字修正 2020 3/9 コマンド修正 ナノポアシーケンスは、主要な第3世代シーケンステクノロジーの1つである。 Nanoporeデータの処理と分析を容易にするために、多くの計算ツールが開発された。以前、Deep…
Tomboは、主にナノポアシーケンスデータから修飾されたヌクレオチドを同定するためのツールスイートである。 Tomboは、生のナノポア信号の分析と可視化のためのツールも提供する。Tomboのre-squiggleアルゴリズムは、Tomboフレームワークの基礎である。 Re-s…
Multiplexing（バーコード）は、ハイスループットDNAシーケンス能力を複数のサンプルに分散させるために使用される一般的な方法である[ref.1]。各入力DNA試料について、独自のバーコードがシーケンシング用に調製されたDNA分子のライブラリーに組み込まれる…
2019 3/12 タイトル修正 2019 3/12 コマンド追記、誤ったコメント削除 2020 1/19 GPU版のリンク追記 2020 5/4 3.6ツイート追記 2021 1/8 helpのバージョン更新、リンク切れ修正 GPU版 2020 3/13 構成を微修正、タイトル変更 20200 7/15 guppy v4.0.11 I got …
