macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

oriC

完全な環状ゲノムの開始位置(+1)を素早く変更する Dnaapler

レポジトリより(一部改変) Dnaaplerはシンプルなpythonプログラムで、一塩基の入力配列(FASTA形式)を受け取り、アミノ酸配列データベースに対してblastxを用いて目的の開始遺伝子を見つけ、この遺伝子の開始コドンが見つかったかどうかをチェックし、見…

バクテリアのゲノムやプラスミドのアノテーションを行う Bakta

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新2023/10/16 インストール手順修正(python3 => python 3.10) Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやs…

ショートリードアセンブリからplasmid配列を同定する Platon

プラスミドはchromosomeから独立して複製する染色体外遺伝要素であり、細菌の環境適応において重要な役割を果たしている。プラスミドは、潜在的な移動性または接合能力により、抗菌薬耐性遺伝子や病原性因子の重要な遺伝的乗り物であり、臨床的にも大きな意…

バクテリア、アーキア、プラスミドの複製起点(ori)データベース DoriC

2019 6/21 誤字修正、コマンド修正 2023/10/19 URL修正 すべての生物において、DNA複製は複製機構の構築段階で正確に制御されている(ref.1)。複製起点は特定のゲノム遺伝子座であり、そこでは二本鎖DNAがほどけて一本鎖DNA鋳型を形成して新しい鎖の合成を…