公開リポジトリで利用可能な生物学的シーケンスデータの量は急速に増加しており、生物医学にとって重要な資源を形成している。しかし、これらのデータを効率的かつ正確に全文検索可能にすることは依然として課題である。本研究では、大規模なシーケンスセッ…

公開データベースには惑星規模の核酸配列コレクションが含まれているが、このコーパスの効率的な検索方法がないため、体系的な探索が阻害されている。このデータベースは（本稿執筆時点で）20ペタベースを超え、指数関数的に増加している (ref.1)。そこで、…

2025/01/15 追記 ヒトの腸内細菌叢の多くの種のゲノム配列は、実験室条件下での微生物の培養が困難であることが主な理由で、依然として不明である。本研究では、地理的にも表現型的にも多様なヒトの3,810の糞便メタゲノムから60,664の原核生物のドラフトゲノ…

注意: タイトルには 機能未知遺伝子だけ相手にしたように書いてますが、実験はゲノム全体の遺伝子をターゲットにランダムかつ網羅的に行われており、mutant phenotypeの影響を調べた遺伝子数自体は１万よりずっと多くなります。実験結果をまとめたFitness Br…

2021 8/20 help追加 MELTは、iiluminaのペアエンドデータを使いリファレンスに存在しないmobile elementを検出するツール。以前1000 genomeで使われていたが、その後バージョンアップにより様々なゲノムに対応するようになった。SGEの分散コンピュータ環境か…