macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Protein-protein interactions (PPIs)

AlphaFastPPi

2024/10/31追記、論文引用、11/02追記 プロテオーム全体にわたる新しいタンパク質間相互作用(PPI)を発見することは、新しいタンパク質の機能を理解し、生物内あるいは生物間のシステム特性を解明する上で大きな可能性をもたらす。近年の計算構造生物学、特…

変異に伴うタンパク質-タンパク質複合体の結合親和性変化を予測するためのディープアンサンブル法 DeepPPAPredMut

タンパク質-タンパク質相互作用(PPI)は多くの細胞内プロセスを支えており、変異によるその破壊は疾患の原因となる。AlphaFold2のようなタンパク質構造予測手法の進化と、広範な実験的親和性データの利用可能性に伴い、タンパク質-タンパク質複合体における…

タンパク質タンパク質、タンパク質ペプチド、タンパク質核酸相互作用の検索と解析、モデリングのためのウェブサーバ PPI3D

構造解析されたタンパク質と他のタンパク質、ペプチド、核酸との相互作用は、分子メカニズムを理解するための鍵となる。PPI3Dウェブサーバーは、前処理されクラスタ化された構造データを照会し、結果を解析し、タンパク質相互作用について相同性ベースの推論…

(ヒト)AlphaFoldでモデル化されたタンパク質間相互作用のデータベース Predictomes

タンパク質間相互作用(PPI)は生物学において普遍的なものであるが、生化学的プロセスの根底にあるPPIの包括的な構造解析は不足している。AlphaFold-Multimer(AF-M)はこの知識のギャップを埋める可能性を秘めているが、標準的なAF-Mの信頼性指標では、関連す…