macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Protein-protein interactions (PPIs)

変異に伴うタンパク質-タンパク質複合体の結合親和性変化を予測するためのディープアンサンブル法 DeepPPAPredMut

タンパク質-タンパク質相互作用(PPI)は多くの細胞内プロセスを支えており、変異によるその破壊は疾患の原因となる。AlphaFold2のようなタンパク質構造予測手法の進化と、広範な実験的親和性データの利用可能性に伴い、タンパク質-タンパク質複合体における…

タンパク質タンパク質、タンパク質ペプチド、タンパク質核酸相互作用の検索と解析、モデリングのためのウェブサーバ PPI3D

構造解析されたタンパク質と他のタンパク質、ペプチド、核酸との相互作用は、分子メカニズムを理解するための鍵となる。PPI3Dウェブサーバーは、前処理されクラスタ化された構造データを照会し、結果を解析し、タンパク質相互作用について相同性ベースの推論…

(ヒト)AlphaFoldでモデル化されたタンパク質間相互作用のデータベース Predictomes

タンパク質間相互作用(PPI)は生物学において普遍的なものであるが、生化学的プロセスの根底にあるPPIの包括的な構造解析は不足している。AlphaFold-Multimer(AF-M)はこの知識のギャップを埋める可能性を秘めているが、標準的なAF-Mの信頼性指標では、関連す…