macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

AlphaFold

Foldseekを使ってAlphaFold UniProt DBから類似構造タンパク質を探す Foldseek server

2022/08/03 誤字修正 高精度な構造予測手法により、一般に公開されているタンパク質の構造が雪崩のように増えている。これらの構造を検索することが、構造解析の主なボトルネックになりつつある。Foldseekは、大規模な構造セットを高速かつ高感度に比較する…

UCSF ChimeraX内でColabFoldを使う

2021年の論文より UCSF ChimeraX は、UCSF Chimera に続く、Resource for Biocomputing, Visualization, and Informatics (RBVI) による次世代対話型可視化プログラムである。ChimeraXは、(a) パフォーマンスとグラフィックスの大幅な向上、(b) Chimeraで最…

MPI Bioinformatics ToolkitのPSI-BLASTサービス

MPI Bioinformatics Toolkit(https://toolkit.tuebingen.mpg.de)(紹介)は、多種多様なパブリックのバイオインフォマティクスツールへのアクセスを無料で提供するインタラクティブなウェブサービスです。30以上の外部ツールと内性ツールを提供しており(2…