macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Bioconductor

遺伝子発現解析と可視化のためのウェブサーバー GEOexplorer

2022/06/10 追加 Gene Expression Omnibus (GEO) は、一般に公開されているハイスループットな遺伝子発現データのかなりの割合をホストしているデータベースリポジトリである。遺伝子発現解析は、サンプルグループ間の生物学的および表現型の違いの根底にあ…

clusterProfilerを使ってGO Enrichment Analysisを行う

2022/05/23 step5を画像に差し替え 先日clusterProfilerを使ってKEGG termのエンリッチメント解析を行う例を紹介しました。今回はclusterProfilerを使ってGO Enrichment Analysisを行う流れを紹介します。Bioconductor AnnotationData Packages(link)とし…

clusterProfiler を使ってKEGG pathway Enrichment Analysisを行う

2022/05/30 タイトル修正 機能エンリッチメント解析は、生命科学におけるハイスループットなオミックスデータを解釈するために極めて重要である。この種のツールは、できるだけ多くの生物について最新のアノテーションデータベースを使用することが重要にな…

DESeq2

2022/05/09 誤字修正、インストール手順修正(ggplot) 2022/06/09 heatmapのコマンド修正 比較ハイスループットシーケンスアッセイでは、RNA-seqにおける遺伝子ごとのリードカウントのようなカウントデータを解析し、実験条件間での系統的変化の証拠を得るこ…

公開されている大規模なRNA-seqデータセットを扱う recount3

新しいMonorail解析パイプラインによって一様に処理された750,000以上の一般に公開されているヒトとマウスのRNAシーケンス(RNA-seq)サンプルからなるリソース、recount3を紹介する。データへのアクセスを容易にするために、recount3およびsnapcountのR/Bio…

RNA-seqの主成分分析のためのR/Bioconductorパッケージ pcaExplorer

2022/01/30 誤字修正 主成分分析(PCA)は、RNAシーケンス(RNA-seq)遺伝子発現アッセイなどの高次元データにおける品質評価や探索的分析に、ゲノミクスアプリケーションで頻繁に使用されている。この目的のために開発された多くのソフトウェアパッケージが…

カスタムアノテーションを使った GO enrichment解析の例

2022/01/08追記, 1/13インストール追記 タイトルの通りの内容です。 質問があったのでそれに対応した記事になります。 1、アノテーションファイルの準備 TrinotateかeggNOG mapperを使ってGO termをアサインしていることを想定している。 A - Trinotateのア…

JavaScriptライブラリに基づいてインタラクティブなCircosプロットを生成するRパッケージ interacCircos

JavaScriptベースのCircosライブラリは、ウェブアプリケーションでインタラクティブなCircosプロットを生成するために広く実装されている。しかし、これらのライブラリは、ローカルにインストールする必要があり、余分なライブラリをコンパイルする必要があ…

ガン遺伝子パネルなどの変異をまとめた図を生成する GenVisRのwaterfall

超並列シーケンシング技術の継続的な開発により、生成されるゲノムデータの量が指数関数的に増加した(Kodama et al、2012)。この成長により、科学者はますます大規模なコホートレベルのゲノムデータセットを調査できるようになった。直感的な視覚化の生成…

Minhashを使い、genomic DNA / proteinを高速比較する sourmash

2019 7/5 インストールエラー修正 、twitter追記 2020 1/5 twitter追記、2/4 twitter追記、2/20 コマンド修正、2/27 help更新, コマンド修正、5/5 twitter追記 2022/04/15 コマンド例を追加 sourmashは、ゲノムデータのMinHash sketchesを作成、比較、操作す…

RNA seqのシミュレータ polyester

RNA-seq実験は遺伝子発現を研究する手段としてますます普及が進んでいる。RNA-seqデータ(Oshlack et al、2010)の発現解析のための様々な統計的手法がある。 RNA-seqの統計的方法論の開発者は、ツールが正しく機能しているかどうかをテストする必要がある。…

シロイヌナズナのRNA seq解析

2018 10/9 誤字修正 2018 10/22 CyVerseチュートリアル追記 2018 12/09 mapping追記 2018 12/12 前処理リンク追加 2019 10/21 リンク追加 植物のRNA seqを初めてされる方向けに作成した資料です。 真似すれば流れを再現できるように記載しています。興味があ…

edgeR

2019 4/30 インストール方法修正 2022 1/23 追記 発現が負の二項分布に従うと仮定した検定法。正規化はTMMで行う。FPKM/RPKM補正のcufflinksより正しくDEGの検出ができる検定法とされる。詳細は門多先生のスライドやdry本の序章の正規化の話を読んでください…