細菌種内の変異を正確に検出することは、微生物進化の基礎研究、伝播事象の再構築、抗菌薬耐性変異の同定において極めて重要である。全ゲノムシーケンスから一塩基多型（SNV）を特定する多くのツールが開発されているが、細菌ゲノムの複雑さや、サンプルタイ…

タンパク質をコードする遺伝子では、部位ごとの非同義置換と同義置換の比（dN/dS）を用いて検出することが可能である。しかし、2つの遺伝子が異なるフレームで同じ塩基部位に重なる場合、一方の遺伝子の同義性変化が他方では非同義性変化となり、dN/dSが乱さ…