macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Methods in Molecular Biology

cDNA配列をゲノムにアラインメントする GMAP

2016年の論文より RNA-SeqやDNA-SeqのデータセットをゲノムにアライメントするためのプログラムGMAPとGSNAPは、生物学的手法の進歩に伴い、より長いリード、より大量のデータ、新しいタイプの生物学的アッセイを扱うために進化してきた。ゲノム表現では、SIM…

イントロン位置の保存性とRNA-seqを活用したホモロジーに基づく遺伝子予測を行う GeMoMa

明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。 今年も忙しくなりそうなので、更新できるタイミングがあれば積極的に更新していきます。 GeMoMaは、進化的に関連するリファレンス種の遺伝子モデルを基に、対象種の遺伝子モデルを予測す…

ヒトおよびモデル生物のタンパク質相互作用データベース Integrated interactions database

バイオアッセイの改良により、新しいタンパク質間相互作用(PPI)の同定率が大幅に向上し、検出されたヒトPPIの数は、初期のヒト・インタラクトームの推定サイズを大幅に上回っている。これらの新しいPPIは、疾患メカニズムのより完全な見解を提供しているが…

アノテーションパイプライン BRAKER2

2020 8/14、15、10/1、10/2 追記, タイトル修正、誤字修正 2021 2/9、9/4 追記 2022 1/.29 12/23 condaインストール修正、 追記 2023/01/04, 01/09.01/11 間違った説明を修正、Documentリンク修正、画像追加 遺伝子予測の完全自動化は、次世代シーケンシング…

blast結果をインタラクティブなヒートマップで視覚化する BLASTmap

植物と病原体の相互作用の結果を決定する多数の遺伝子が現在発見されている。たとえば、免疫受容体、感受性因子、病原体エフェクター、およびそれらの宿主標的など。ターゲットエンリッチメントシーケンスは、遺伝子型固有のゲノムアセンブリを最初に生成す…

真核生物のゲノムプロジェクトにおいて共同研究者と共にアノテーションを効率的に進めるためのwebサービス GenSAS

2020 1/9 タイトル修正 2020 7/19 追記 2020 7/23 追記 Genome Sequence Annotation Server(GenSAS、https://www.gensas.org)は、構造的および機能的アノテーション、および手動キュレーションのための安全なWebベースのゲノムアノテーションプラットフォ…

GFF3のツールキット GFF3toolkit

i5k Workspace @ NAL (HP) でサポートされているGFF3toolkit(https://github.com/NAL-i5K/GFF3toolkit)は、節足動物ゲノムプロジェクトとその研究コミュニティからのGFF3形式の遺伝子アノテーションを処理するためのツールスイートを提供する。 遺伝子アノ…

MG-RAST(簡単な紹介)

2022/06/26 追記 分子生物学、とりわけ、微生物群集(メタゲノミクス分野)のハイスループットシーケンシングは、気候変動、環境汚染、人間の健康などに関わる微生物群集の組成と機能的内容の理解を急速に進歩させている。メタゲノミクスは、以前は実験室制…

GOアノテーション間の関係と類似性を調べるwebサーバー NaviGO

遺伝子の機能解明は、バイオインフォマティクスを含む現代の生物学における中心的な問題の1つである。体系的な機能的アノテーションのために、GOは遺伝子機能の語彙(以後、term)として広く使われている[ref.1]。 GO termは、term間の親の関係が表されてい…

祖先タンパク質コード遺伝子を探す AnABlast

2021 4/13 誤字修正 2015年のペーパーより ゲノム配列中のタンパク質をコードする遺伝子および偽遺伝子を同定するための新しい方法の開発は、ゲノム時代における主要なチャレンジの一つである。実験的アプローチによってもたらされた並外れた支持に加えて、…

アダプターやプライマーのコンタミを除く AlienTrimmer

シーケンスされる長さより短いライブラリサイズのシーケンスを行うと、3'側にアダプタやバーコードが出現する。このような汚染配列があると、後の解析に悪影響を与える可能性があるため、クオリティチェックの時に除くのが望ましい。AlienTrimmerはユーザが…