macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

pangenome variation graph

ODGI のdepthコマンド

ODGI のdepthコマンドは、グラフのデプスをプリントする。チュートリアル(link)では、このdepthコマンドを使い、44人の個人からのハプロイドフェージングされた第8番染色体の88個の配列のパンゲノムバリエーショングラフから個体間で共通してデプスが減少…

Graphiaによるパンゲノムグラフの可視化のサポートスクリプト GraPPLE

GraPPLEは、Graphia (Pubmed) によるパンゲノムグラフの可視化支援スクリプトです。細菌のパンゲノムグラフの活用法について学ぶためには、最近出たこちらの論文(link)がとても参考になりました。 Githubより GraPPLEのスクリプトは、バクテリアのパンゲノ…

PanGenome Graphを構築する PGGB

Githubより pggb は入力配列から pangenome variation graph を作成する。pangenome variation graph は一般的な多重配列アライメントの一種で、ある生物種または生物群におけるゲノム要素の完全な集合をモデル化したものです。パンゲノムは、配列グラフの一…