macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Nucleic Acids Research

膜貫通タンパク質の統合リソース UniTmp

UNIfied database of TransMembrane Proteins (UniTmp)は、膜貫通タンパク質の構造情報を、タンパク質セグメントの局在、タンパク質のトポロジーから膜包埋3次元構造まで、様々なレベルで網羅的に収集した、自由にアクセス可能なリソースである。何万もの新…

大規模生体分子構造の3D可視化のためのウェブアプリケーション Mol* Viewer

大規模な生体分子構造は、結晶学や電子顕微鏡などの確立された技術を用いて、日々実験的に決定されている。さらに、新たな統合的手法やハイブリッド手法(I/HM)により、時には数億個の水素原子以外の原子を含む巨大な高分子機械やアセンブリの構造モデルが…

縮小アミノ酸アルファベットを用いたタンパク質構造の3次元可視化と解析のウェブサーバ RaacFold

タンパク質構造はDNA構造よりも複雑で多様であり、通常、機能、相互作用、生物学的注釈の解釈に影響を与える。Reduced amino acid alphabets (Raaa) は、タンパク質の複雑さを軽減し、機能的に保存された領域を同定する強力な能力を示す。RaacFoldは、58の還…

ショートリードアセンブリからプラスミドコンティグを同定する PLASMe

プラスミドは、重要なアクセサリー遺伝子を運ぶ移動性の遺伝性エレメントである。プラスミドをカタログ化することは、細菌間の遺伝子の水平伝播を促進するプラスミドの役割を解明するための基本的なステップである。次世代シーケンサー(NGS)は、今日、新し…

オルソログベンチマークサービス Quest for Orthologs

Orthology Benchmark Service (https://orthology.benchmarkservice.org)は、Quest for Orthologsコンソーシアムによってサポート・維持されている、orthology inference 評価のゴールドスタンダードである。これは、標準的なデータセットと共通の手順で、既…

マイクロバイオームデータの統計的・機能的・統合解析を行う MicrobiomeAnalyst 2.0

マイクロバイオーム研究は、多様性プロファイリング、機能特性解析、トランスレーショナルアプリケーションなど、多様な目的を持つ生物医学、農業、環境科学において日常的に行われるようになってきた。その結果、複雑で、しばしばマルチオミックスデータセ…

(ヒトとマウス)マルチオミクスデータを探索するウェブサーバ  ExpressVis

ライフオミクスの時代、膨大な量のマルチオミクスデータが生成され、生物医学研究に広く利用されるようになった。プログラミングスキルの低い生物学者がマルチオミクスデータから生物学的知見を得ることは困難である。そのため、複雑なオミクスデータを扱い…

汚染シークエンシングリードを簡単に除外する GenomeFLTR

過去10年間、シーケンス技術の進歩により、ゲノムデータは飛躍的に増加した。これらの新しいデータは、遺伝子やゲノムの進化や機能に関する我々の理解を劇的に変化させてきた。シーケンサー技術の向上にもかかわらず、汚染されたリードを特定することは、多…

複数のライブラリにまたがるエンリッチメント解析を行う Enrichr-KG

遺伝子およびタンパク質セットのエンリッチメント解析は、オミックス実験から収集されたデータの解析において重要なステップである。Enrichrは、数十万件の注釈付き遺伝子セットを含む、人気のある遺伝子セットエンリッチメント解析ウェブサーバー検索エンジ…

メタゲノミクスの抗生物質耐性遺伝子データベース ResFinderFG v2.0

メタゲノミクスは、抗生物質耐性遺伝子(ARG)の拡散を監視するために利用できる。ResFinderやCARDなどのデータベースで発見されたARGは、主に培養可能な病原性細菌に由来するものだが、培養不可能な非病原性細菌由来のARGについては、まだ研究が不十分なま…

RNA-Seqの正規化手法を比較し、発現変動遺伝子の解析まで行う NormSeq

2023 5/30 タイトル修正 RNAシーケンスは、様々なRNAサブポピュレーションの発現に関する知識を得るために最も使用されるハイスループットなアプローチの1つとなっている。しかし、ライブラリー調製時やデータ解析時に発生する技術的なアーチファクトが、検…

バクテリアゲノム上のプロファージ検索ウェブサーバー PHASTEST

PHASTEST (PHAge Search Tool with Enhanced Sequence Translation) は、プロファージ検索ウェブサーバーPHASTとPHASTERの後継である。PHASTESTは、細菌ゲノムおよびプラスミド内のプロファージ配列の迅速な同定、アノテーション、視覚化をサポートするよう…

複数のアノテーション付きゲノムの視覚的探索をする Genome Context Viewer 2 (GCV)

Genome Context Viewerは、ゲノム領域をそのミクロおよびマクロシンテニックな構造に基づいて特定、アライメント、可視化するためのウェブアプリケーションである。遺伝子アノテーションのような機能的要素を検索・比較の単位として使用することで、Genome C…

ゲノムアセンブリを評価する WebQUAST

ゲノミクス研究において、適切なゲノムアセンブリを選択することは、ダウンストリーム解析の鍵となる。しかし、多くのゲノムアセンブリツールが存在し、その実行パラメータは非常に多様であるため、このタスクは困難である。また、既存のオンライン評価ツー…

糖質活性酵素と基質のアノテーションを行う dbCAN3

糖質活性酵素(CAZymes)は、様々な生物によって作られ、複雑な糖質代謝を担っている。バイオエネルギー、マイクロバイオーム、栄養、農業、地球規模の炭素循環におけるCAZymesの重要性から、CAZymesのゲノムマイニングは(メタ)ゲノムプロジェクトにおける…

細菌ゲノムの詳細な評価と視覚化を行う Proksee

Proksee (https://proksee.ca) は、細菌ゲノムのアセンブル、アノテーション、解析、可視化のための、強力で使いやすく、機能豊富なシステムをユーザーに提供する。Prokseeは、イルミナのシーケンスリードを、圧縮されたFASTQファイル、または生、FASTA、Gen…

昆虫の包括的遺伝子リソース InsectBase 2.0

昆虫は地球上で最大の動物群であり、資源の提供、病気の媒介、農作物生産の被害など、人間の生活に大きな影響を及ぼしている。近年、昆虫のゲノムや遺伝子のデータが大量に生成されている。これらのリソースを管理、共有、マイニングするためには、包括的な…

antiSMASHのアップデート antiSMASH7.0

微生物は、二次代謝や特殊な代謝の一環として、小さな生物活性化合物を生成する。このような代謝物は、抗菌、抗がん、抗真菌、抗ウイルスなどの生物活性を持つことが多く、医療や農業への応用に重要な役割を担っている。過去10年間、ゲノムマイニングは、こ…

オルソログデータを探索・可視化する統合プラットフォーム OrthoVenn3

比較ゲノム研究の進歩により、種の進化や遺伝的多様性を研究することに関心が高まっている。この研究を促進するために、OrthoVenn3は、ユーザーが効率的にオルソログクラスターの同定とアノテーションを行い、さまざまな種にわたる系統関係を推論できる強力…

出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、視覚化するためのウェブサーバー PlasMapper 3.0

PlasMapper 3.0は、出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、対話的に可視化できるウェブサーバーである。プラスミドマップは、遺伝子クローニング実験に関する重要な情報を計画、設計、共有、公開するために使用される。PlasMapper 3.0は、PlasMappe…

系統マーカー遺伝子を自動で取り出して自動で系統推定を行う PHANTASM

16SリボソームRNA(rRNA)遺伝子の塩基配列は、数十年にわたり原核生物の分類学的位置づけを知るために用いられてきた。全ゲノム解析は、生物の進化的関係をより明確にすることができるが、このような解析には、微生物学者には珍しい計算能力が必要なことが…

細菌プラスミドのデータベース PLSDB

プラスミドには、病原因子や抗生物質耐性機構をコードする遺伝子が含まれていることが知られている。メタゲノミクスデータ処理におけるその関連性は着実に高まっている。しかし、メタゲノム実験の普及と規模の拡大に伴い、報告されるプラスミドの数も急速に…

バクテリオファージ・サテライトを同定する SatelliteFinder

バクテリオファージとバクテリアの相互作用は、ファージサテライト(バクテリア間の移動にファージを利用する要素)によって影響を受ける。サテライトは、防御システム、抗生物質耐性遺伝子、病原性因子をコードすることができるが、その数や多様性は不明で…

オルソログを探索する OrthoLoger

OrthoDBは、真核生物、原核生物、ウイルスの多様なサンプルの遺伝子の進化的・機能的アノテーションを提供する。Orthologyは、急速に拡大するゲノム配列の世界と、遺伝子の機能的知識を結びつける最も正確な方法である。OrthoDBは、最も多様な生物と最高品質…

遺伝子の機能的アノテーションとエンリッチメント解析を行う KOBAS3.0

GSE(Gene Set Enrichment)解析は、ゲノムスケールの実験から生物学的な知見を引き出すために重要な役割を担っている。ORA (overrepresentation analysis)、FCS (functional class scoring)、PT (pathway topology) のアプローチは、GSE手法の3世代に渡って…

専門家が監修した培養メディアデータベース MediaDive

MediaDive (https://mediadive.dsmz.de) は、専門家が監修した包括的な培養培地データベースで、あらゆる生命領域の4万以上の微生物株について、3200以上の標準培養培地のレシピ、手順、分子組成が収録されている。MediaDiveは、研究・診断ラボでの日常的な…

イントロン位置の保存性とRNA-seqを活用したホモロジーに基づく遺伝子予測を行う GeMoMa

明けましておめでとうございます。今年もよろしくお願いいたします。 今年も忙しくなりそうなので、更新できるタイミングがあれば積極的に更新していきます。 GeMoMaは、進化的に関連するリファレンス種の遺伝子モデルを基に、対象種の遺伝子モデルを予測す…

AUGUSTUSの訓練と遺伝子予測のためのウェブサービス WebAUGUSTUS

2023/01/01 誤字修正 タンパク質をコードする遺伝子の予測は、新たにシークエンシングされアセンブルされたゲノムのアノテーションにおいて重要なステップである。AUGUSTUSは真核生物の遺伝子予測のための最も正確なツールの一つである。ここでは、AUGUSTUS…

タンパク質のMSA中のSNPを比較することにより、SNP共起パターンを同定する SpydrPick

共分散に基づく共選択的圧力下での多型の発見やエピスタシスは、近年、集団ゲノム科学において非常に注目されている。染色体上の対立遺伝子の集団レベルでの共分散を統計的にモデル化し、多型のペア間の依存性をモデルフリーで検定することで、細菌集団にお…

EMBL-EBIのMGnifyのアップデート

MGnifyプラットフォーム(https://www.ebi.ac.uk/metagenomics)は、微生物由来の核酸配列のアセンブリ、解析、保存を容易にする。このプラットフォームでは、メタバーコード、メタトランススクリプトーム、メタゲノムなど、様々な環境由来のデータセットを…