Nucleic Acids Research
2024/11/01 タイトル変更 二次代謝産物とは、生物の発生には必須ではないが、生態学的・生理学的に重要な利益をもたらす化合物のことである。これらの化合物は、医療、バイオテクノロジー、農業に応用されている。二次代謝産物の生産は、生合成遺伝子クラス…
トランスポーザブル・エレメント（TE）は、様々な真核生物のゲノムに豊富に存在する。TEは、通常、異なる転写因子（TF）が結合するシスエレメント（エンハンサーやプロモーターなど）を作り出すことで、重要な制御的役割を果たす可能性があることを示唆する…
構造解析されたタンパク質と他のタンパク質、ペプチド、核酸との相互作用は、分子メカニズムを理解するための鍵となる。PPI3Dウェブサーバーは、前処理されクラスタ化された構造データを照会し、結果を解析し、タンパク質相互作用について相同性ベースの推論…
PubTator 3.0（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator3/）は、タンパク質、遺伝子バリアント、疾患、化学物質のような主要な概念の意味と関係性の検索を提供する最先端のAI技術を用いた生物医学文献リソースである。現在、約3600万件のPubMed abst…
2024/02/28 コマンド修正 インテグロンは柔軟な遺伝子交換プラットフォームであり、アクセサリー遺伝子をコードする複数のカセットを含み、その順序は特定のインテグラーゼによってシャッフルされる。移動性遺伝要素に組み込まれたインテグロンには、しばし…
UNIfied database of TransMembrane Proteins (UniTmp)は、膜貫通タンパク質の構造情報を、タンパク質セグメントの局在、タンパク質のトポロジーから膜包埋3次元構造まで、様々なレベルで網羅的に収集した、自由にアクセス可能なリソースである。何万もの新…
大規模な生体分子構造は、結晶学や電子顕微鏡などの確立された技術を用いて、日々実験的に決定されている。さらに、新たな統合的手法やハイブリッド手法（I/HM）により、時には数億個の水素原子以外の原子を含む巨大な高分子機械やアセンブリの構造モデルが…
タンパク質構造はDNA構造よりも複雑で多様であり、通常、機能、相互作用、生物学的注釈の解釈に影響を与える。Reduced amino acid alphabets (Raaa) は、タンパク質の複雑さを軽減し、機能的に保存された領域を同定する強力な能力を示す。RaacFoldは、58の還…
プラスミドは、重要なアクセサリー遺伝子を運ぶ移動性の遺伝性エレメントである。プラスミドをカタログ化することは、細菌間の遺伝子の水平伝播を促進するプラスミドの役割を解明するための基本的なステップである。次世代シーケンサー（NGS）は、今日、新し…
Orthology Benchmark Service (https://orthology.benchmarkservice.org)は、Quest for Orthologsコンソーシアムによってサポート・維持されている、orthology inference 評価のゴールドスタンダードである。これは、標準的なデータセットと共通の手順で、既…
マイクロバイオーム研究は、多様性プロファイリング、機能特性解析、トランスレーショナルアプリケーションなど、多様な目的を持つ生物医学、農業、環境科学において日常的に行われるようになってきた。その結果、複雑で、しばしばマルチオミックスデータセ…
ライフオミクスの時代、膨大な量のマルチオミクスデータが生成され、生物医学研究に広く利用されるようになった。プログラミングスキルの低い生物学者がマルチオミクスデータから生物学的知見を得ることは困難である。そのため、複雑なオミクスデータを扱い…
過去10年間、シーケンス技術の進歩により、ゲノムデータは飛躍的に増加した。これらの新しいデータは、遺伝子やゲノムの進化や機能に関する我々の理解を劇的に変化させてきた。シーケンサー技術の向上にもかかわらず、汚染されたリードを特定することは、多…
遺伝子およびタンパク質セットのエンリッチメント解析は、オミックス実験から収集されたデータの解析において重要なステップである。Enrichrは、数十万件の注釈付き遺伝子セットを含む、人気のある遺伝子セットエンリッチメント解析ウェブサーバー検索エンジ…
メタゲノミクスは、抗生物質耐性遺伝子（ARG）の拡散を監視するために利用できる。ResFinderやCARDなどのデータベースで発見されたARGは、主に培養可能な病原性細菌に由来するものだが、培養不可能な非病原性細菌由来のARGについては、まだ研究が不十分なま…
2023 5/30 タイトル修正 RNAシーケンスは、様々なRNAサブポピュレーションの発現に関する知識を得るために最も使用されるハイスループットなアプローチの1つとなっている。しかし、ライブラリー調製時やデータ解析時に発生する技術的なアーチファクトが、検…
PHASTEST (PHAge Search Tool with Enhanced Sequence Translation) は、プロファージ検索ウェブサーバーPHASTとPHASTERの後継である。PHASTESTは、細菌ゲノムおよびプラスミド内のプロファージ配列の迅速な同定、アノテーション、視覚化をサポートするよう…
Genome Context Viewerは、ゲノム領域をそのミクロおよびマクロシンテニックな構造に基づいて特定、アライメント、可視化するためのウェブアプリケーションである。遺伝子アノテーションのような機能的要素を検索・比較の単位として使用することで、Genome C…
ゲノミクス研究において、適切なゲノムアセンブリを選択することは、ダウンストリーム解析の鍵となる。しかし、多くのゲノムアセンブリツールが存在し、その実行パラメータは非常に多様であるため、このタスクは困難である。また、既存のオンライン評価ツー…
糖質活性酵素（CAZymes）は、様々な生物によって作られ、複雑な糖質代謝を担っている。バイオエネルギー、マイクロバイオーム、栄養、農業、地球規模の炭素循環におけるCAZymesの重要性から、CAZymesのゲノムマイニングは（メタ）ゲノムプロジェクトにおける…
Proksee (https://proksee.ca) は、細菌ゲノムのアセンブル、アノテーション、解析、可視化のための、強力で使いやすく、機能豊富なシステムをユーザーに提供する。Prokseeは、イルミナのシーケンスリードを、圧縮されたFASTQファイル、または生、FASTA、Gen…
昆虫は地球上で最大の動物群であり、資源の提供、病気の媒介、農作物生産の被害など、人間の生活に大きな影響を及ぼしている。近年、昆虫のゲノムや遺伝子のデータが大量に生成されている。これらのリソースを管理、共有、マイニングするためには、包括的な…
2024/03/24 ローカルでのラン例追記 微生物は、二次代謝や特殊な代謝の一環として、小さな生物活性化合物を生成する。このような代謝物は、抗菌、抗がん、抗真菌、抗ウイルスなどの生物活性を持つことが多く、医療や農業への応用に重要な役割を担っている。…
比較ゲノム研究の進歩により、種の進化や遺伝的多様性を研究することに関心が高まっている。この研究を促進するために、OrthoVenn3は、ユーザーが効率的にオルソログクラスターの同定とアノテーションを行い、さまざまな種にわたる系統関係を推論できる強力…
PlasMapper 3.0は、出版品質のプラスミドマップを生成、編集、注釈、対話的に可視化できるウェブサーバーである。プラスミドマップは、遺伝子クローニング実験に関する重要な情報を計画、設計、共有、公開するために使用される。PlasMapper 3.0は、PlasMappe…
16SリボソームRNA（rRNA）遺伝子の塩基配列は、数十年にわたり原核生物の分類学的位置づけを知るために用いられてきた。全ゲノム解析は、生物の進化的関係をより明確にすることができるが、このような解析には、微生物学者には珍しい計算能力が必要なことが…
プラスミドには、病原因子や抗生物質耐性機構をコードする遺伝子が含まれていることが知られている。メタゲノミクスデータ処理におけるその関連性は着実に高まっている。しかし、メタゲノム実験の普及と規模の拡大に伴い、報告されるプラスミドの数も急速に…
バクテリオファージとバクテリアの相互作用は、ファージサテライト（バクテリア間の移動にファージを利用する要素）によって影響を受ける。サテライトは、防御システム、抗生物質耐性遺伝子、病原性因子をコードすることができるが、その数や多様性は不明で…
OrthoDBは、真核生物、原核生物、ウイルスの多様なサンプルの遺伝子の進化的・機能的アノテーションを提供する。Orthologyは、急速に拡大するゲノム配列の世界と、遺伝子の機能的知識を結びつける最も正確な方法である。OrthoDBは、最も多様な生物と最高品質…
GSE（Gene Set Enrichment）解析は、ゲノムスケールの実験から生物学的な知見を引き出すために重要な役割を担っている。ORA (overrepresentation analysis)、FCS (functional class scoring)、PT (pathway topology) のアプローチは、GSE手法の3世代に渡って…
