macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

JSON

バクテリアのゲノムやプラスミドのアノテーションを行う Bakta

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新 Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化するためのツールである。dbxref-richやsORF-including annotationsを機械的に読めるJSONやバイオイン…

ユニークな変異や全サンプルの変異HTMLレポート作成機能を持つbreseqのユーティリティツール gdtools

2020 1/15 コマンド追記 2021 4/24 追記 2021 5/14 countコマンド修正 2021 5/16 -pについて追記(赤字部分) GenomeDiffファイルは、サンプルで検出されたすべての変異を記述するbreseqによって出力されるテキストファイルである。 (これらは、コードの「d…

assemblyの分析結果をJSON形式で出力する assembly-scan

タイトルの通りのツール。入力アセンブリ配列の簡単な要約統計をJSON形式で出力する。 開発の動機は、assemblathon-stats.plやassembly-statsなどの代替手段があるものの、これらはJSONを出力しなかったためと記載されている。 インストール macos10.14のpyt…

fastqの分析結果をJSON形式で出力する fastq-scan

タイトルの通りのツール。開発の動機はGithubのREADME参照。 インストール macos10.14のPython 3.7環境でテストした。 本体 Github #bioconda (link)conda install -c bioconda -y fastq-scan > fastq-scan -h $ fastq-scan -h Usage: cat FASTQ | fastq-sca…