2024/09/17追記 Githubより NCBI Datasetsは、NCBIデータベース全体のデータを簡単に収集できるリソースである。コマンドラインインターフェース（CLI）ツールやNCBI Datasetsウェブインターフェースを使って、遺伝子やゲノムの配列、アノテーション、メタデ…

RNA-seqリードのシミュレーションは、バイオインフォマティクスツールの評価、比較、ベンチマーク、開発において極めて重要である。しかし、RNA-seqシミュレータの分野は過去10年間ほとんど進歩していない。このニーズに応えるため、本著者らは柔軟で高度に…

ゲノムデータの解釈には、既存のリファレンスデータベースとの関連で結果を評価することが繰り返し課題となっている。コマンドラインやPythonの利用者が増加する中、大規模な公開ゲノムデータベースの多様なコレクションに保存されているキュレーションされ…

HPの解説より GenBank Flat File Format (.gb または .gbk) は、核酸やタンパク質の配列とそのアノテーションを保存できるファイルフォーマットとして広く利用されている。NIHの遺伝子配列データベース「GenBank」（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/）…

2021 5/18 ツイート追加 2021 11/11 論文引用 2022/03/10 help更新2023/10/16 インストール手順修正（python3 => python 3.10） 2024/08/22 webサーバーリンク追加 Baktaは、バクテリアのゲノムやプラスミドのローカルなアノテーションを迅速かつ標準化する…

2020 1/15 コマンド追記 2021 4/24 追記 2021 5/14 countコマンド修正 2021 5/16 -pについて追記（赤字部分） GenomeDiffファイルは、サンプルで検出されたすべての変異を記述するbreseqによって出力されるテキストファイルである。 （これらは、コードの「d…

タイトルの通りのツール。入力アセンブリ配列の簡単な要約統計をJSON形式で出力する。 開発の動機は、assemblathon-stats.plやassembly-statsなどの代替手段があるものの、これらはJSONを出力しなかったためと記載されている。 インストール macos10.14のpyt…

タイトルの通りのツール。開発の動機はGithubのREADME参照。 インストール macos10.14のPython 3.7環境でテストした。 本体 Github #bioconda (link)conda install -c bioconda -y fastq-scan > fastq-scan -h $ fastq-scan -h Usage: cat FASTQ | fastq-sca…