macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

operon

細菌の近傍に存在するタンパク質ファミリーを調べる ProFaNA

機能的に関連する遺伝子は、特に原核生物において、ゲノム上でしばしば近傍にグループ化されることがよく知られている。この現象が起こる進化的メカニズムは様々であるが、未知の遺伝子の機能を予測するのに利用できる。ここでは、現在利用可能な膨大なゲノ…

バクテリアゲノムデータセットからリンクされた遺伝子を探す SLING

オペロンおよび機能的に連結された遺伝子アレイは原核生物ゲノムにおける転写構成の最も基本的な単位を表す。同じプロセスまたはパスウエイに関与する遺伝子は単一のブロックにコードされ、同じ調節の下で転写される。多くの臨床的に重要な遺伝子システムが…

MetaRon

細菌の遺伝子は環境刺激に反応して効率的に制御され、オペロンとして知られるユニークな遺伝子クラスターを形成している。このように、オペロンの参照情報や機能情報が不足しているため、オペロンの予測は困難である。 本研究では、MetaRon(Metagenome and w…

メタゲノムのデータセットからコアオペロンを探索する POEM

オペロンはDNAの機能単位であり、その遺伝子はポリシストロン性mRNAとして共転写される。オペロンは、細菌に機能的複雑さをもたらす強力なメカニズムであり、したがって微生物の遺伝学、生理学、生化学、および進化から関心がある。全ゲノム中のオペロンを同…