macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

UMI

nf-coreのRNA seq解析パイプライン nf-core/rnaseq

2023/02/24 誤字修正 2023/09/06 追記 nf-core/rnaseqはnextflow DSL2を使って構築されているRNAシーケンスデータを解析するためのパイプライン。2023年2月現在、nf-coreのベストプラクティスに従ったパイプラインは76個公開されている。このnf-coreの中で最…

Demultiplexingを行う fgbioのDemuxFastqsコマンド

fgbioはディープシーケンシングデータを扱うためのコマンドラインツールキット。リードレベルのデータ(FASTQ、SAM、BAMなど)やバリアントレベルのデータ(VCF、BCFなど)を操作する。特に次のようなものを提供することに重点を置いている(Githubより)。 …