HyperLogLog
2019 2/17 テスト環境の誤り修正 Mashツール[ref.1]のリリース以来、MinHashのようなデータスケッチは比較ゲノミクスにおいて有益になっている。それらは大規模データベースからのゲノムのクラスター化[ref.1]、特定のシーケンス内容を持つデータセットの検…
2018
Genome Biology
metagenome
生物種の推定 (taxonomic profiling)
高速なツール
virus
archaea
microbial eukaryotes
contamination
protozoa
plant
vertebrate
human genome
clinical and diagnostic
k-mer
abundance estimation in metagenomics data
HyperLogLog
2019 1/17 エラー修正 2024/02/14 追記 メタゲノミクス分類手法は、データセット内の各リードに taxonomic identityをアサインすることを試みる。メタゲノミクスデータにはしばしば何千万ものリードが含まれているため、分類は、通常、長さk(k-mers)の短い…