GTDB
MetabuliのGUIアプリがリリースされているので簡単に紹介します。 https://github.com/steineggerlab/Metabuli-App/releases/tag/v1.0.0 "これはMetabuli Appの最初のリリースで、これまでコマンドライン経由でのみ利用可能だったMetabuliメタゲノム分類ツー…
2024/05/22 追記、誤字修正、コメント追加 2024/08/22 追記 メタゲノムの分類学的な分類器は、DNA配列かアミノ酸（AA）配列のどちらかを解析する。しかし、Metabuli (https://metabuli.steineggerlab.com)は、DNAとAAの両方を共同で解析し、感度の高い相同性…
2024/05/18 論文引用 遺伝子近傍の解析と比較は、微生物ゲノムの構造、機能、進化を探索するための強力なアプローチである。ゲノムの可視化や比較のためのツールは数多く存在するが、大規模なゲノムデータベースやユーザーが作成したデータセットを横断して…
2023/08/11 説明を修正 2024/08/20 追記, kraken1 からkraken2に変更 GTDBでもサードパーティとして紹介されているが、レポジトリGTDB_KrakenでGTDBのリリースR86のkrakenデータベースが公開されている（属レベルでアサインされていない分類 (g__) は排除さ…
レポジトリより xgtは、GTDBデータベースの効率的なクエリとパースを可能にするRustツール。GTDB APIをミラーリングし、追加のパース機能を提供するコマンドのコレクションで構成されている。 インストール Github #rustcが古いならアップグレードするrustup…
マニュアルより gtdbtkのde novo ワークフローは、ユーザー提供のゲノムと GTDB-Tk リファレンスゲノムを含むバクテリアと古細菌のツリーを推論する。分類学的な分類を得るにはclassify_wfワークフローを推奨し、de novoでdomain固有のツリーが必要な場合の…
2022/05/12 追記、06/03 古いツイートを消去、07/23 preprint引用 2023/10/21 v2.3.2追記 2024/05/09 R220追記、10/26追記 GTDBとその分類ツールであるGTDB-tkは原核生物ゲノムの分類によく使われるようになりました。しかし、GTDB-tkのclassiyコマンドはメ…
2019 11/6 タイトル修正、説明追加 重要な生物学的および進化的洞察は、種の系統発生にわたる遺伝子および機能的アノテーションの有無を調査することにより生成できる。これらには、予期しない taxonomic occurrences の特定（ref.1）、遺伝子の進化的起源の…
2019 10/28 誤字修正、コメント追加、11/5 誤字修正、捕捉追加、11/6 追記 2020 2/21 インストールコマンド修正、3/4 ツイート追加、4/21 インストールの説明を修正、8/23 補足 、9/9 KBase補足、論文リンク追加、12/28 データベースダウンロードリンク更新 …
2019 2/15 タイトル修正、2/26 コマンドの誤り修正、7/7 インストール説明修正、10/25 論文引用追記、10/29 wgetしてくるデータベースのリンク更新 2020 1/8 コマンドの例修正、2/5 インストールの流れ修正、091/3 wgetしてくるデータベースのリンク更新 202…
