2024-05-01から1ヶ月間の記事一覧
ハイスループットシーケンス技術（Next Generation Sequencing; NGS）は、多様な生物学的探究に取り組む研究者によってますます活用されるようになっている。最新のシーケンシングの驚くべきスケールと効率を活用し、ゲノム解析からタンパク質-核酸相互作用…
ロングターミナルリピート（LTR）レトロトランスポゾンは、ほとんどの植物種のゲノムにおいて、反復DNAエレメントの主要なクラスである。配列決定された植物ゲノムの数は加速度的に増加しており、植物ゲノムアセンブリ中のLTRレトロトランスポゾンの効率的な…
一般に公開されている細菌ゲノム配列の数は驚くほど多く（NCBIのGenBankだけでも200万アセンブル）、その数は増え続けている。このような豊富なデータから、これらの配列を進化の文脈の中で位置づける系統解析が求められている。系統的な配置は分類学的な分…
DeGeCIは、de Bruijn graphとして表現されるアノテーションされたミトコンドリアミトコンドリアゲノムのリファレンスデータベースを用いて、ミトコンドリア塩基配列から完全自動のde novo遺伝子予測を生成するコマンドラインツールである。入力ゲノムはこの…
新規の異化酵素とトランスポーターを発見するために、本著者らは29のバクテリアのハイスループット遺伝子データと、異化経路のギャップを見つける自動化ツールを組み合わせた。GapMind for carbon sourcesは、細菌および古細菌ゲノムにおける62種類の化合物…
bamConcordanceは、PacificBiosciencesが管理しているレポジトリの１つで管理されている、リードのリファレンス配列とのマッピングの一致度からリードの経験的なクオリティ値を算出するpythonスクリプト。エラー修正ツールで修正された後のシークエンシング…
構造情報はミスセンス変異の病原性予測に大きな可能性を持つが、配列データと構造データの間にはよく知られたギャップがあるため、構造に基づく病原性分類法は配列に基づく分類法に比べて限界がある。本著者らは、高精度なタンパク質構造予測手法であるAlpha…
MerCat2（"Mer-Catenate2"）は、オミックスデータ中のフィーチャーをロバストに解析するための、汎用性、並列性、拡張性、モジュール性を備えたソフトウェアパッケージである。MerCat2は、あらゆるプラットフォームからのHTSシークエンシングの生リード、ア…
本スクリプト T2T_chromosomes.shは、テロメア-2-テロメアのアセンブリ配列末端のテロメアリピートを同定する。定義として、リファレンスの染色体を指定し、それの全長をカバーしているアセンブリ配列であることと、そのようなアセンブリ配列の両端にユーザ…
2024/05/22 追記、誤字修正、コメント追加 メタゲノムの分類学的な分類器は、DNA配列かアミノ酸（AA）配列のどちらかを解析する。しかし、Metabuli (https://metabuli.steineggerlab.com)は、DNAとAAの両方を共同で解析し、感度の高い相同性検出のためにAAの…
トランスポーザブル・エレメント（TE）は、様々な真核生物のゲノムに豊富に存在する。TEは、通常、異なる転写因子（TF）が結合するシスエレメント（エンハンサーやプロモーターなど）を作り出すことで、重要な制御的役割を果たす可能性があることを示唆する…
第3世代シークエンシング技術は、高品質でウルトラロングリードを生成できることから人気を博している。さまざまなサンプルや複数のシーケンスプラットフォームから得られたデータセットを比較および包括的な解析に活用することは、生物学的メカニズムの解明…
原核生物は無性の生物であるが、これらの生物は有性生物の減数分裂による組換えとは異なり相同組換えを頻繁に行う。ゲノム進化をシミュレートするために開発されたほとんどのツールは、有性生殖を想定しているか、あるいは集団にDNAフラックスが全くないこと…
タンパク質-タンパク質相互作用（PPI）は多くの細胞内プロセスを支えており、変異によるその破壊は疾患の原因となる。AlphaFold2のようなタンパク質構造予測手法の進化と、広範な実験的親和性データの利用可能性に伴い、タンパク質-タンパク質複合体における…
分子ビューアーの長い学習曲線は、研究者が初めて構造生物学の分野にアプローチする際の妨げとなっている。ここでは、次世代のオンライン分子ビューアーとして、軽量で強力かつ使いやすいインターフェースである'The Protein Imager'を紹介する。さらに、こ…
エラーの自己修正は、ロングリードシークエンシングデータの解析において極めて重要な最初のステップである。しかし、この目的のための既存のメソッドのほとんどは、主にエラー率が5％を超えるノイズの多いシーケンスデータ用に調整されており、多くの場合、…
メタゲノムのビニングは、同じゲノムに属するコンティグをクラスタリングすることであり、メタゲノムアセンブリゲノム（MAG）を復元するための重要なステップである。コンティグは、ゲノム全体で一貫したリードカバレッジパターンを利用することで連結される…
タイトルの通りツール。簡単に紹介します。 インストール 依存 msaconverter is a tool to convert a multiple sequence alignment into different format with Biopython Github #conda( link)mamba install bioconda::msaconverter -y#pippip install msac…
2024/05/10 誤字修正 （2010年の論文） KaKs_Calculator 2.0と名付けた統合スタンドアローンソフトウェアパッケージのアップデート版を発表する。このパッケージには、非同義置換率と同義置換率を計算するための17の手法が組み込まれている。その中で、ガン…
2024/05/10 BamTools追加 UbuntuにHTSの基本的なツールをインストールする手順をまとめました。pythonでラップされているようなツールはanacondaに頼るのが早いので除外し、純粋にコンパイル言語で書かれたよく使われているツールを対象としました。 docker…
構造解析されたタンパク質と他のタンパク質、ペプチド、核酸との相互作用は、分子メカニズムを理解するための鍵となる。PPI3Dウェブサーバーは、前処理されクラスタ化された構造データを照会し、結果を解析し、タンパク質相互作用について相同性ベースの推論…
系統学的解析は、細菌の多様性と進化を研究する上で切っても切り離せないものとなっており、多くの異なる細菌のコア遺伝子が照合され、系統樹の再構築に用いられてきた。しかし、これらの遺伝子は、すべての細菌ゲノムにおけるその存在と単一コピー率に基づ…
大量の16S rRNA遺伝子配列を分類学的に分類するには、OTUへのクラスタリングやノイズ除去法が主流である。本著者らは、個々のアンプリコン配列を迅速かつ正確に分類する新しい分類学的分類ツールspeciateITを開発した（https://github.com/Ravel-Laboratory/…
DNA配列中のパターンを同定し図示することは、様々な生物学的データ解析において極めて重要な作業である。この作業では、DNA配列の基本的な構成要素であるkmmerの集合によってパターンが表現されることが多い。これらのパターンを視覚的に明らかにするために…
シークエンシングの世代が変わるにつれてDNAシークエンサーの性能が急速に向上し、生成されるデータ量も増加した。この進化は、新しいバイオインフォマティクスの手法にもつながっており、モデルの精度やゲノム解析パイプラインの頑健性を検証する際に、in s…
レポジトリより トランスポーザブル・エレメント（TE）の発見とアノテーションのために多くのツールが開発されている。しかし、高品質なTEコンセンサスライブラリーの構築には、依然としてTEを手作業でキュレーションする必要があり、それには時間がかかり、…
ヒトゲノムのおよそ3％は可変反復配列（VNTR）で構成されている。これらの遺伝子座は多型性が高いが、アラインメントのブレイクポイントに基づいてバリアントを定義しマージする現在のアプローチでは、その多様性を完全に捉えることはできない。ここではvamo…
