macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

Bandageのフォーク Bandage-NG

 

Gihtubより

Bandage-NGは、SPAdesやMEGAHITなどのde novoアセンブラが作成するアセンブリグラフを操作するためのGUIプログラムである。

重要: オリジナルのBandageレポのフォークである。新しい機能やバグが含まれている可能性があり、Ryan WickによるBandageと互換性がない可能性がある。

 

Documentation

Home · asl/BandageNG Wiki · GitHub

 

 

 

 インストール

リリースからダウンロードできる。ビルドするにはGUIアプリ開発のフレーワークであるQt 6などが必要。macosで動作確認した(mac studio使用)。

https://github.com/asl/BandageNG/releases

本体 Github

 

 

実行方法

起動してグラフを読み込んだところ。

目立ったインターフェースの変化はない。

 

オリジナルのBandageよりも大量のアセンブリグラフファイルを読み込んだ時の応答性が改善されているらしい。という発表当時のツイートを記憶しているのですが、該当するツイートが見つけられませんでした。すみません。

引用

GitHub - asl/BandageNG: a Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily

 

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