2023-02-12から1日間の記事一覧
fqgrep ユーティリティは、任意の入力 FASTQ ファイルを検索し、塩基が 1 つ以上のパターンに一致するレコードを検索する。 grep, but for FASTQS, but now more grep-likeWe've done a lot of work @fulcrumgenomics to try emulate grep, but for FASTQs. …
Gihtubより Bandage-NGは、SPAdesやMEGAHITなどのde novoアセンブラが作成するアセンブリグラフを操作するためのGUIプログラムである。 重要: オリジナルのBandageレポのフォークである。新しい機能やバグが含まれている可能性があり、Ryan WickによるBandag…
2023/02/13 誤字修正 ロングリードを使ったメタゲノムシークエンシングが徐々に増えてきています。一般に、ロングリードシークエンシングでは、メタゲノムアセンブリによってショートリードよりも連続性の高いMAGを得ることができます。連続性の高いMAGが得…
2023/02/112 誤字修正 最新のロングリードDNOVOゲノムアセンブラは、OLC(Overlap Layout Consensus)パラダイムに従っており、そのネイティブ実装ではO(n2)アルゴリズムであった。OLCの最も時間とメモリを消費するステップであるall-vs-allシーケンシングリ…