NCBIからmitochondria DNAをダウンロードする。

NCBIのOrganelle Genome Resourcesでは、オルガネラゲノム配列をダウンロードできます。ミトコンドリアDNAのfastaファイルをダウンロードしてみます。

NCBIのOrganelle Genome Resourcesにアクセスする。https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/organelle/

左端のRefseq release of mitochondrial sequencesを選択する。

リンク先は、refseq/release/のhttps://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/のmitochondrionになっている。plastidやplasmidも選べる。

Refseq release of mitochondrial sequencesからはRefseq のmitochondrial DNA配列を固めたファイル（1.1と2.1）をダウンロードできる。2022年7月16日アクセス時は、1.1に合計7809配列、2.1に合計5896配列あった。

ちなみにgenbankのほうには無い。

GenBankゲノムとRefSeqゲノム両方を含むallにもない。

Browse by Organismからは登録されている配列を絞り込み検索できる。

あまり充実していないが、メタデータをまとめてダウンロードできるためにも使える。

右端のOrganellesを選択。2022年7月現在では24433個ヒットする。

mitochondrionはrefseq releaseより多い14,922ヒットする。chloroplast、chromatophore、cyanelle、 kinetoplast、apicoplast、plastidも選べる。

mitochondrionでFungiだけに限定すると1129見つかる。

さらにSubgroupで絞ることができる。

metaddataはダウンロードできる。

サイズ、GC含量、宿主の種名と分類、アクセッション番号などが載っている。FTPリンクはない。

参考

Genomes Download (FTP) FAQ

macでインフォマティクス