macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

2022-10-10から1日間の記事一覧

BAMインデックス(bam.bai)ファイルを細かく切り刻む chopBAI

シーケンサーの性能向上により、かつてないほど大量のゲノムデータが生成されるようになった。このようなデータの処理では、例えば、多数のサンプルにわたって小さなゲノム領域を解析する場合、しばしばI/Oボトルネックが発生する。しかし、最も大きなI/O負…

新規ミトコンドリアゲノムをショートリードから直接アセンブルする OGA

レポジトリより OGA(Organelle Genome Assembler)は、遠縁の生物種、あるいはオルガネラ遺伝子をリファレンスとして、オルガネラゲノムをアセンブルする。オルガネラゲノム(プラストーム)を組み立てるために、以下の4つのステップを実施する。(1)生のショ…