NCBI Insightsより
NCBIのComparative Genome Viewer (CGV)では、2 つのアセンブリ間のアライメントを表示および比較し、欠失、逆位、転座を含むゲノム配列および構造の違いを確認することができます。
NCBIのComparative Genome Viewer (CGV)で利用できる全ゲノム種間アライメントが増えました。これらのアラインメントを利用して、種間のゲノムの再配置を調べることができます。また、保存された遺伝子のシンテニーの領域を拡大して解析することができます。
ヒト-マウス、マウス-ラット、ヒト-チンパンジー、ヒト-ウシ、イヌ-ネコなど、20以上の新しい種間アラインメントが利用可能です。 これらの異種間アライメントは、ゲノムレベル、遺伝子レベルでの進化的関係を探るための新たな機会を提供します。今後、さらに多くの異種間アラインメントを追加していく予定です。
Now Available! More Mammalian Cross-Species Alignments in the Comparative Genome Viewer (CGV)
https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2023/02/22/cross-species-cgv/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/cgv/27955/9606にアクセスする。
種を選ぶ。
比較したい種を選ぶ。最初で選んだ種によって選べる種には制限がある。
ゲノムアセンブリのバージョンを選ぶ。これも選んだ組み合わせによって制限がある。
View Comparisonをクリック。
表示された。
シンテニーがある領域をクリックするとその領域の情報が表示される。
View on~をクリックするとNCBI Data Viewerにジャンプする。
元に戻る。シンテニーがある領域をダブルクリックするとその領域が拡大される。
右上のReset to genome viewをクリックすると全体表示に戻る。
遺伝子名で検索するとそのlocusのシンテニーを確認できる。
下のメニューから表示項目を変更できる。非ベストアラインメントはOFF、forwardのシンテニーのみ、最低サイズを10Mbとした。
図はDownload imageからダウンロードできる。Download dataではGFF3形式などでアラインメントをダウンロードできる。
Insightsには、”フィードバックをもとに、CGVを更新していきます。意見をお聞かせください。”と書かれています。追加してほしい種やゲノムがある方は、連絡してみると良いのではないでしょうか。メーリングリストもあるようです。
引用
Introducing the Comparative Genome Viewer (CGV) beta release
https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2022/07/05/cgv-beta-release/
