bowtie2はマッピング結果の要約統計を標準エラー出力として報告する。Trinityのwikiでは、これを利用してde novo transcriptome assemblyを評価する流れがまとめられている。
RNA Seq Read Representation by Trinity Assembly · trinityrnaseq/trinityrnaseq Wiki · GitHub
実行方法
１、indexing
bowtie2-build --threads ref.fasta bowtie2_index
２、Mapping
要約統計をstats.txtとして保存する。マッピング結果はここでは破棄する。アセンブリが非常に断片化している可能性を考慮してローカルアラインメントモードを使う。リードが完全にアラインメントされることを必要とするならend-to-endモード（bowtie1）を使う（マニュアル）。
bowtie2 -p 20 --sensitive-local --local -x bowtie2_index -1 reads_1.fq -2 reads_2.fq 2>stats.txt 1> /dev/null
- --sensitive-local -D 15 -R 2 -N 0 -L 20 -i S,1,0.75 (default)
- --end-to-end entire read must align; no clipping (on)
OR - --local local alignment; ends might be soft clipped (off)
- -p number of alignment threads to launch (1)
- --no-unal suppress SAM records for unaligned reads
出力例
引用
Fast gapped-read alignment with Bowtie 2
Ben Langmead & Steven L Salzberg
Nat Methods. 2012 Mar 4;9(4):357-9
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