Trinityに付属するスクリプトabundance_estimates_to_matrix.plは、align_and_estimate_abundance.plの出力を入力として、複数サンプルを（正規化しつつ）統合した発現行列ファイルを生成するスクリプト。Trinityのマニュアルに習い、使い方を確認しておく。…

bowtie2はマッピング結果の要約統計を標準エラー出力として報告する。Trinityのwikiでは、これを利用してde novo transcriptome assemblyを評価する流れがまとめられている。 RNA Seq Read Representation by Trinity Assembly · trinityrnaseq/trinityrnase…