T-Coffee（Tree based Consistency Objective Function For AlignmEnt Evaluation）はマルチプルアライメントを行うツールである。始めに２つずつ配列を比較し、それから全部の配列を使いマルチプルアライメントを実行する。従来のclustalより高速に動作する。より大規模な解析ではclustal omegaなどの選択肢があるが、普通の解析ではT-Coffee で十分である。
公式サイト
http://www.tcoffee.org/Projects/tcoffee/
T-Coffeeマニュアル
http://tcoffee.readthedocs.io/en/latest/
T-Coffee webサーバー（EMBL-EBI）
http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/
インストール
公式サイトより自己解凍形式の.dmgファイルをダウンロードする。インストーラーを解凍し、指示通り進める。
インストールが終わったら、sourceしてターミナルで導入を確認する。
source ~/.bash_profile
t_coffee -version
ラン
マルチファスタファイルを解析する。
t_coffee input.fasta
標準では全コアを使い解析が行われる。計算が終わると.aln、.dnd、htmlファイルが出力される。
.alnファイル。clustalXのAppend Sequencesで開くこともできる。
head -20 /Users/user/Desktop/ISy203alignment.aln
CLUSTAL FORMAT for T-COFFEE Version_11.00.8cbe486 http://www.tcoffee.org [MODE: ], CPU=0.01 sec, SCORE=999, Nseq=10, Len=1174
ISY203a CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAA-AAAGCTCTTTAAAATGA
ISY203b CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203c CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203d CAGAAGTGTTGAACGATAGTGATAAAGAGAAAAAAAGCTCTTTAAAATGA
ISY203e CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203f CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203g CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203j CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203k CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
ISY203x CAGAAGTGTTGAACGATAGTTATAAAGAGAAAAAAAGCCCTTTAAAATGA
******************** *********** ***** ***********
ISY203a TAGAATAAAGGGCAGAAATATTAGAATAATTGAAGCGATGATATCAAATT
ISY203b TAGAATAAAGGGCAGAAATATTAGAATAATTGAAGCGATGATATCAAATT
ISY203c TAGAATAAAGGGCAGAAATATTAGAATAATTGAAGCGATGATATCAAATT
ISY203d TAGAATAAAGGGCAGAAATATTAGAATAATTGAAGCGATGATATCAAATT
ISY203e TAGAATAAAGGGCAGAAATATTAGAATAATTGAAGCGATGATATCAAATT
ISY203f TAGAATAAAGGGCAGAAATATTAGAATAATTGAAGAGATGATATCAAATT
html出力。
タンパク質のaccurateモード（アミノ酸のみ対応）。
t_coffee input.fasta -mode accurate
RNAのaccurateモード。
t_coffee input.fasta -mode rcoffee
高速モード。
t_coffee input.fasta -mode quickaln
低メモリモード（RNAに対応）。
t_coffee input.fasta -mode memory
引用
T-Coffee: A Novel Method for Fast and Accurate Multiple Sequence Alignment
CeÂdric Notredame1,2,3*, Desmond G. Higgins4 and Jaap Heringa1
J. Mol. Biol. (2000) 302, 205±217
