2020 7/28 タイトル修正
Alanはターミナル（端末エミュレータ）で動くアライメントのビューア。GUIに頼らず端末内で確認作業を完結させることができる。
インストール
ubuntu18.04でテストした。
--対応フォーマット--
FASTA、Clustal format alignments
本体 GIthub
alan-2.1.1/alanを叩いて実行する。bashスクリプトになっている。
ラン
マルチFASTAファイルを開く。入力フォーマットは自動認識する。明示する時は"-n"（DNA）か"-p"（プロテイン）をつける。
alan input.fa
配列が端末エミュレータ（ターミナル）内に表示される。画面からはみ出している場合、十字キーで上下左右に移動できる。
Mafft（紹介）でマルチプルアライメントを行なって、結果を確認する。
mafft --auto input.fa > output.aln
alan output.aln
引用
