クオリティトリミングを行う condetri - macでインフォマティクス

condetriはペアリードを考量してクオリティトリミングが行えるperlのツール。

公式サイト

マニュアル

ダウンロードしたディレクトリにPDFマニュアルあり。

インストール

本体はperl スクリプトである。

ダウンロードしてパスを通す。

実行方法

perl condetri.pl -fastq1=R1.fq -fastq2=R2.fq -prefix=output -cutfirst=i -hq=i -lq=i -frac=[0,1] -minlen=i -mh=i -ml=i -sc=i -rmN

-fastq1=file 　Fastq(.gz) file. If a second file is given, the files are trimmed-fastq1=file Fastq(.gz) file. If a second file is given, the files are trimmed
-fastq2=file　as a pair. The reads must have the same order in both files.
-prefix=string　Prefix for the output file(s). The filtered fastq file(s) will be named prefix_trim1.fastq (and prefix_trim2.fastq if present). For pairs, a third file will be given with unpaired reads (reads from pairs where one low quality read has been removed).
-cutfirst=i　Remove i first bases from the 5'end before any trimming [0].-cutfirst=i Remove i first bases from the 5'end before any trimming [0].
-cutlast=i　Remove i bases from the 3'end before any trimming [0].-cutlast=i Remove i bases from the 3'end before any trimming [0].
-rmN　 Remove non-ATCG bases from 5'end before any trimming [no].
-hq=i　Hiqh quality threshold [25].-hq=i Hiqh quality threshold [25].
-lq=i　Low quality threshold [10].
-frac=[0,1]　 Fraction of read that must exceed hq [0.8].
-lfrac=[0,1]　 Maximum fraction of bases with qual<lq [0].
-minlen=i　 Min allowed read length [50].