インストール 依存 Cython Github https://github.com/mills-lab/svelter git clone https://github.com/mills-lab/svelter.git cd svelter python setup.py install --user export PATH=$PATH:$HOME/.local/bin $ svelter.py SVelter-0.1 Contact: xuefzhao…

種によって利用できるリファンレスの数は大きく異なる。例えばアウトブレイクした菌種を同定するために、１つのfastqデータをたくさんのリファンレスにアライメントするような作業を行う場合、リファレンスが数百ー数万も利用できると、アライメント作業が計…

RNA seqデータをde novoでアセンブルすると、一般に同じ遺伝子のアイソフォームが区別され、それぞれを別々にアセンブルするため、似た複数のコンティグが生じてしまう（ SNPまたはindelだけが異なるコンティグを繰り返し報告する）。付け加えて、こうしてで…

fastqの圧縮の方法論にはいくつか種類があるが、その内の１つリファレンスベースの圧縮ツールは、シーケンスデータをそのまま圧縮するのではなく、リファンレスとの位置合わせ結果を記録する方法論である。そのために、リファレンスにリードをアライメントし…

高い圧縮率を示すfastqの圧縮ツール。圧縮率が高いだけあって時間はかかるが、1/10ほどのサイズの圧縮ファイルを作ることができる（ロスレス）。 インストール cent OSに導入した。 環境 Unix system with at least 4gb of RAM (preferably 8) Ruby 本体 Git…