haploidスモールゲノムバリアントコーラー; breseqの出力からコントロールの変異を除く breseq-rm-ctrl

2019 10/8 mac向けのインストール手順追加

2019 10/9 コマンド修正

タイトルの通りの機能を持つコマンド。コントロール株でもコールされた変異を除くために使う。breseq出力のhtmlファイルを入力に使う。出力もhtmlファイルになる。

Breseq本体

http://barricklab.org/twiki/bin/view/Lab/ToolsBacterialGenomeResequencing

インストール

mac os10.14でdarwin向け64bitバイナリをダウンロードし、テストした。

依存

breseq-rm-ctrl v0.1.0 is tested for breseq version 0.33.2, it should works for recent breseq versions

本体 Github

リリースリンク

#macの場合 (wgetがない場合、リリースからbreseq-rm-bg_darwin_amd64.tar.gz（ダイレクトリンク）をダウンロード)
wget https://github.com/shenwei356/breseq-rm-bg/releases/download/v0.2.0/breseq-rm-bg_darwin_amd64.tar.gz
tar zxvf breseq-rm-bg_darwin_amd64.tar.gz
#解凍してできたbreseq-rm-bgがプログラム本体になる。パスの通ったディレクトリに移動しておく。
mv breseq-rm-bg /usr/local/bin

> breseq-rm-ctrl

$ breseq-rm-ctrl

breseq-rm-ctrl

Version: v0.1.0

Author: Wei Shen <shenwei356@gmail.com>

Source code: https://github.com/shenwei356/breseq-rm-ctrl

Usage:

breseq-rm-ctrl ctrl/output/index.html sample1/output/index.html > sample1/output/index2.html

実行方法

親ゲノムと変異株ゲノムそれぞれのbreseq出力フォルダにあるindex.htmlを指定すればランできる。親株（コントロール株）の結果、処理株（変異株）のデータの順番に指定する。

breseq-rm-ctrl -i -b ctrl/output/index.html sample1/output/index.html > output.html

-bで指定するのはbackground（親ゲノム）の変異コールになる。出力のoutput.htmlは単一のhtmlファイルである。

参考

breseqはbiocondaでのインストールがサポートされていますが、condaで導入するとbowtie2のパスがおかしくなってこけます。conda createして仮想環境に入れるか、bowtie2は別に入れて、breseqはビルド済みのバイナリを上のリンクからダウンロードして使うと上手くランできます。間違えて本環境にいれて動かないようなら、conda removeして下さい。

引用
Identification of mutations in laboratory-evolved microbes from next-generation sequencing data using breseq

Deatherage DE1, Barrick JE

Methods Mol Biol. 2014;1151:165-88