gbtliteは、kbseahさんが作ったメタゲノムのカバレッジやGCのplotを描画してグラフ出力できるwebツール 。
I’ve written up a simple browser-based visualization for rendering coverage-GC% plots, called gbtlite.
https://kbseah.wordpress.com/2016/12/14/visualize-metagenomes-in-a-web-browser/
使い方
1、BBtoolsのbbmapを使い、De novoアセンブリして得たFASTA配列に、アセンブリに使ったリードをマッピングする(BBtools紹介)。
bbmap.sh ref=assembly.fa nodisk in1=pair1.fq in2=pair2.fq covstats=sample1.stats
出力(sample1.stats)
2、https://kbseah.github.io/gbtlite/にアクセスする。
3、ファイルを選択をクリックし、fasta配列をアップロードする。Draw graphsをクリック。横軸がGC、縦軸がlogカバレッジのグラフが表示される。
グラフは、Trackpadの上下で拡大縮小したり、ドラッグで移動したりできる。上のメニューからは縦軸のスケールやプロットのサイズなどを変更できる。
感想
プロットが1000を超えてくるとブラウザがハングアップすることがあるそうなので、真のメタゲノムデータに使うには厳しそうですが、簡易チェックには役に立ちそうです。
gbtools(紹介)
https://kbseah.wordpress.com/2015/12/07/new-paper-visualizing-metagenome-binning-with-r/
引用