CARは、近縁な生物のゲノムに基づいて、原核生物のゲノムのコンティグを精度よく並べ換えるアセンブリツール。論文中では、様々なリアルデータのコンティグと系統学的に近縁さが異なる20のゲノムを使い、正解と謝りの割合を調べており、競合ツールよりパフォーマンスが高いことが示されている。ツールとしてwebサーバー版が提供されている。
右上のウィンドウからexampleデータを選択してランできる。
exampleデータの結果はhelpからもリンクしている。結果を開く。
CAR resultのAssembly of draft chromosomeを開く。contigの並べ替え結果が表示されている。
Dot plot <-- Before After-->
引用
CAR: contig assembly of prokaryotic draft genomes using rearrangements
Chin Lung Lu,corresponding author Kun-Tze Chen, Shih-Yuan Huang, and Hsien-Tai Chiucorresponding author
BMC Bioinformatics. 2014; 15(1): 381.