2024/10/05 追記 MEGA（Molecular Evolutionary Genetics Analysis）ソフトウエアは、計算分子進化の手法とツールの大規模なコレクションを含むまでに成熟した。ここでは、MEGAを種、病原体、遺伝子ファミリーのタイムツリーを構築するための、より包括的な…

2024/06/24 誤字修正, 9/5 誤字修正 2025/04/30 追記 2025/05/29 追記 2020年の論文 IQ-TREE（http://www.iqtree.org）は、最尤法を用いた系統推論を行うための、ユーザーフレンドリーで広く利用されているソフトウェアパッケージである。2014年にバージョン…

近年、配列決定技術の高度化によってNCBIのタンパク質NRデータベースは急速に成長しており、特定の種の生物のタンパク質は過剰に公開されている。このため、特に過剰に読まれた生物の配列かそれに進化的に近縁な生物の配列を使ってBLASTサーチを実行すると、…