macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

CNGBdbのBLASTサービス

 

China National GeneBank DataBase (CNGBdb) はマルチオミクスデータの体系的なアーカイブと共有を目的としたデータプラットフォーム。CNGBdbは、CNGBの内部データソースとNCBI、EBI、DDBJなどの外部データソースに基づき、INSDC、DataCite、GA4GH、GGBN、ACMGなどの国際標準アライアンスのデータ標準に従って、CNGBdbは文献、遺伝子、変異、タンパク質などを網羅するデータ構造を構築し、データアーカイブ、クエリ、検索、解析などのデータ共有とアプリケーションサービスを提供している(source)。オンラインサービスとして、BLASTサーチを行うことができる。

 

About CNGBdb

About us - CNGBdb - China National GeneBank DataBase

 

BLASTサーチの流れを簡単に確認します。

webサービス

BLAST service of CNGBにアクセスする。

 

BLASTN,BLASTP、BLASTX、TBLASTN、TBLASTX

 

1,配列を入力して、任意でジョブ名をつける。

BLASTnのデフォルトはMega-BLAST(pubmed)となっている。

 

2,出力形式はペアワイズアラインメント、タブ区切り、カンマ区切り、XML,、JSONなど選択できる。

 

3,計算リソースの選択

 

4,データベースの選択。現在以下のデータベースに対応している(画像では一部隠れている)。デフォルトは選択なしになっているので、どれか選ばないとサブミットできない。

(中国なので植物がより強調されている)

 

5,指定した生物種に限定、もしくは除外することもできる。

 

6,準備ができたらサブミットする。

 

 

ステータスがrunningになって1-2分でジョブが終了した(注;深夜に試した)。

 

ペアワイズアラインメントの出力例

 

複数クエリあるときはボタンからクエリを切り替えできる。

 

コメント

NCBIほど高速ではないためジョブ提出後しばらく時間がかかりますが、ここ半年ほど、週末(土日の午後)を中心にNCBIにアクセスできない事が増えています。急ぎでオンラインBLASTサーチをしたいときに覚えておくと便利かと思います。

 

引用

CNGBdb: China National GeneBank DataBase

Feng Zhen Chen, Li Jin You, Fan Yang, Li Na Wang, Xue Qin Guo, Fei Gao, Cong Hua, Cong Tan, Lin Fang, Ri Qiang Shan, Wen Jun Zeng, Bo Wang, Ren Wang, Xun Xu, Xiao Feng Wei

Yi Chuan. 2020 Aug 20;42(8):799-809. DOI: 10.16288/j.yczz.20-080

 

補足:他のオンラインBLASTサービス

NGDCのBLASTサービス

https://ngdc.cncb.ac.cn/blast/blastn

 

EMBL-EBIのBLASTサービス

https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/sss/ncbiblast/nucleotide

 

KEGG BLAST Search

Sequence Similarity Search - BLAST