macでインフォマティクス

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HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

rboAnalyzer

 

 NCBI BLAST出力からノンコーディングRNA(ncRNA)の特性評価を向上させるためのウェブサービスを、コマンドラインアプリケーションrboAnalyzerをベースに提供する。簡単に説明すると、このアプリケーションはBLAST出力に含まれる選択されたhigh scoring pairs (HSPs) の対象配列を完全長まで拡張し、それらの相同性と二次構造を予測する。このアプリケーションの目的は、BLAST出力では明らかにされていないHSPの中の対象となるRNAの特徴付けを支援することにある。ウェブサーバーの主な利点は、使いやすさと、検索、フィルタリング、データエクスポートのオプションを備えたインタラクティブな解析である。ウェブサーバーはrboanalyzer.elixir-czech.czで自由に利用できる。WebサイトのフロントエンドはElm、バックエンドはPythonで実装され、Apacheで提供されている。

 

HPより

 rboAnalyzerは、二次構造(既知である必要はない)を持つRNAであるクエリ配列を検索する際に、BLASTアルゴリズムを補完するツールである。BLAST出力の high-scoring pairs (HSP)は、しばしば不完全なものとなる(つまり、HSPのアラインメントはクエリ配列全体をカバーしていない)。これは、HSPによって示される潜在的なncRNAを特徴付けようとする場合の大きな欠点である。そこで、rboAnalyzerはBLAST出力から不完全なHSPから完全長のRNA配列を見つけ、その二次構造を1つ以上の方法で予測しようとする。

rboAnalyzerには3つのステージがある。

  1. HSPからの完全長RNA配列の拡張
  2. クエリ配列との完全長マッチの相同性の推定
  3. 二次構造の予測

 

Document

http://rboanalyzer.elixir-czech.cz/docs/help.html

 

webサービス

http://rboanalyzer.elixir-czech.cz/にアクセスする。

f:id:kazumaxneo:20210202005700p:plain

 

 

 配列を入力する。ここではexampleの6S rRNA 配列を指定。

f:id:kazumaxneo:20210219235751p:plain

 

出力

f:id:kazumaxneo:20210714080117p:plain

 

f:id:kazumaxneo:20210714080146p:plain

引用

rboAnalyzer webserver: web service for non-coding RNA characterization from NCBI BLAST output
Marek Schwarz, Jiří Vohradský, Josef Pánek
Bioinformatics, Published: 01 February 2021