macでインフォマティクス

macでインフォマティクス

HTS (NGS) 関連のインフォマティクス情報についてまとめています。

サンガーシークエンスデータの自動アセンブルと解析のためのサーバー YAQAAT

 

 サンガーシーケンスが普及しても、自動アセンブリソフトウェアはデスクトップやラップトップ用のスタンドアローンソフトウェアが主流で、同等のオンラインソフトウェアはほとんどないため、配列解析やアセンブリは地理的な制約を受けている。また、世界的なデータ量の増加に伴い、大規模なアセンブリを行う前の自動品質チェックやトリミング、変異の自動検出も必要とされている。自動化や機能拡張が可能なウェブサーバーにより、特にクラウドストレージからファイルをアップロードできれば、これまでデスクトップに限られていた複雑な解析をスマートフォンやファブレットでも実行できるようになる。このような、オンラインでアクセス可能な配列のアセンブリと解析を促進するために、著者らはYet Another Quick Assembly, Analysis and Trimming Toolウェブサーバーを作成した。このツールは、複数の.ab1および.FASTQシーケンスリードのde novo自動アセンブリと自動トリミング、アセンブリ後の配列から一塩基多型や挿入または欠失をスキャンするもので、ソフトウェアのインストールを必要とせず、インターネットアクセスさえできればどこからでもアクセスでき、他のソフトウェアやウェブツールにほとんど依存することなく利用できる。

 


FAQ

https://yaqaat.apdskeg.com/yaqaat/guide

 

サーバーのURLを見つけるのに苦労しました。ジョブをサブミットする流れだけ紹介します。

webサービス

http://yaqaat.apdskeg.com/yaqaat/にアクセスする。

 

New jobを選択。ペアの.ab1ファイルをアップロードする。ここではexample dataを使った。生シーケンスファイル(.ab1または.fastq)、または解析したいab1ファイルを圧縮(.zip)してアップロードすることができる予定だが、現在サーバーは".ZIP "ファイルしか受け付けないとある。".ZIP "拡張子で圧縮してアップロードする。

Verifyをクリック。

 

ペアとして検出された。

ペアが検出されない場合、ユーザーはCSVテンプレートに必要事項を記入し、ペアのある配列をアップロードすることができる(Documentより)。

 

リファレンス配列を入力する。ここではDENOVOとした。

 

配列を指定後にsubmitをクリック。メールを指定しておくとジョブ終了後にメールが届く。

他のジョブが見えているので注意して下さい。

 

引用
Yet Another Quick Assembly, Analysis and Trimming Tool (YAQAAT): A Server for the Automated Assembly and Analysis of Sanger Sequencing Data
Darius Wen-Shuo Koh, Kwok-Fong Chan, Weiling Wu, Samuel Ken-En Gan 

J Biomol Tech. 2021 Jan 15;jbt.2021-3202-003